【生信技能树】【miRNA】学习笔记（一）
miRNA背景知识
miRNA组学，实际上是RNA-Seq的一种，为非常规转录组。
miRNA种类
miRNA、piRNA、rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA、repeat associate sRNA、exon 或 intro降解片段。
- 其中，miRNA & siRNA & piRNA是研究的热点
- miRBase —— miRNA数据库
- miRNA的碱基组成为：AUCG
miRNA ID的命名规则
miRNA成熟体简写成miR，再根据其物种名称，以及被发现的先后顺序加上阿拉伯数字。
e.g. hsa-miR-122
高度同源的miRNA在数字后加上英文小写字母(a, b, c, …)
e.g. hsa-miR-34a，hsa-miR-34b，hsa-miR-34c等
通常一个miRNA前体长度大约为70~80nt，很可能两个臂分别产生miRNA，则继续在名称之后加上-5p/-3p等。
e.g. hsa-miR-122-5p
miRNA综述
（1）人类 / human
- MiRNAs and cancer【这篇文章有点老】
- The Role of MicroRNAs in Human Diseases
- Deep sequencing of the small RNA transcriptome of normal and malignant human B cells identifies hundreds of novel microRNAs
（2）植物 / plants
- Functional diversity of miRNA in plants
- Comparison of miRNA Evolution and Function in Plants and Animals
- Computational analysis of miRNA targets in plants: current status and challenges
（3）miRNA相关工具
- Evaluation of Bioinformatics Approaches for Next-Generation Sequencing Analysis of microRNAs with a Toxicogenomics Study Design【评价各个miRNA生物信息学分析工具，简要看给出的表格就好】
miRNA应用
这部分是Jimmy老师给出的关于miRNA实例。
需要注意的是，miRNA与mRNA之间的关联也是一条分析方向。
文献名称
- MicroRNA-17 as a promising diagnostic biomarker of gastric cancer: An investigation combining TCGA, GEO, meta-analysis, and bioinformatics【公共数据分析，数据量非常大】
- Distinct methylation levels of mature microRNAs in gastrointestinal cancers
miRNA芯片介绍
miRNA-Seq，由于其实际上就是RNA-Seq的一种，最终目的都是为了分析表达矩阵。
根据获得表达矩阵的方法，可以将miRNA分析分为：
- 基于芯片
- 基于二代测序
miRNA芯片厂商
- affymetrix（不对物种进行划分 —— 探针种类非常多）
- agilent（分物种）
- illumina
后话
Jimmy老师发布在b站的视频，需要GEO数据库挖掘方面的知识，我还没，但是也可以稍微学学。
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