CADD课程学习（8）-- 化合物库虚拟筛选（Virtual Screening）

2024-05-10 13:36:33

CADD课程学习（8）-- 化合物库虚拟筛选（Virtual Screening）

PyRx：基于AutoDock的虚拟筛选软件

虚拟筛选

虚拟筛选，也称计算机筛选，即在进行生物活性筛选之前，在计算机上对化合物分子进行预筛选，以降低实际筛选化合物的数目，同时提高先导化合物的发现效率

PyRx：安装好PyRx后，需要把之前安装好的autodock4.exe 和autogrid4.exe 两个文件找贝到PyRx安装目录下，才能保证PyRX在本地的顺利运行。

PyRx虚拟筛选关键步骤：

利用AutoDock Wizard准备受体格点文件
利用Open Babel准备配体小分子
利用Vina Wizard进行虚拟筛选
虚拟筛选结果分析

PyRx虚拟筛选关键步骤：

1. 利用AutoDock Wizard准备受体格点文件

2. 利用Open Babel准备配体小分子

保存结果

4.虚拟筛选结果分析
也可在以下目录找到虚拟筛选结果，pdbgt格式文件可导入Pymol
C:\Users\Administrator.mgltools\PyRx\Macromolecules\1EP_pra

练习：

从PDB数据库中下载1IEP晶体复合物，并用下载一个小分子库文件（自己构建或者ZINC下载），利用PyRX完成虚拟筛选实践，并对结果进行分析。

其他人总结

如果配体分子小而蛋白质分子很大，不确定小分子在哪里对接时，放大格子进行盲对接，配体小分子可能在蛋白质多个地方对接，就用1.MOE寻找位点；
2.聚类分析对对接的结果进行评价；
3.查找文献寻找重要氨基酸进行对接；
4.用虚拟筛选评价小分子库的对接结果

补充内容

文件sdf,df，mod2格式文件包含多个分子吗，如何拆分单个分子

vina_split.exe --input a.pdbqt

CADD课程学习（8）-- 化合物库虚拟筛选（Virtual Screening）相关推荐

基于对接化合物库虚拟筛选（Virtual Screening）
基于对接化合物库虚拟筛选(Virtual Screening) 从ZINC数据库中获得BAAA.smi库,把这些化合物用LigPrep模块配体准备完成后,即可进行虚拟筛选:在Tasks中搜索Virtu ...
CADD课程学习（13）-- 研究蛋白小分子动态相互作用-I(GROMACS)
CADD课程学习(13)-- 研究蛋白小分子动态相互作用-I(GROMACS) 分子动力学基本原理分子动力学(Molecular Dynamics-MD)一门结合物理,数学和化学的综合技术. 分子动 ...
CADD课程学习（10）-- 模拟不同体系与蛋白-蛋白相互作用（ZDOCK）
CADD课程学习(10)-- 模拟不同体系与蛋白-蛋白相互作用(ZDOCK) 生物体的生理功能主要由细胞中的蛋白质控制和调节.其中,多数蛋白质是作为蛋白质复合物中的一部分参与细胞的代谢过程.因此,研究 ...
CADD课程学习（9）-- 不同类型分子结构转换(Open Babel)
CADD课程学习(9)-- 不同类型分子结构转换(Open Babel) Open Babel:各种化学结构类型转换 http://openbabel.org/wiki/Main_Page Open ...
通过蛋白结构分析、同源建模、分子对接、虚拟筛选、构效关系分析、药效团靶点抑制剂筛选预测、全新药物设计，先导化合物发现等方法对靶点药物进行全方位设计及分析
[一]专题目录专题一:CADD药物分子相互作用.分子对接.靶点预测 2022年03月26日-03月27日在线直播 2022年04月03日-04月04日在线直播专题二:薛定谔靶点抑制剂虚拟筛选. ...
当虚拟筛选遇上高通量筛选
新药研究属于高科技领域,世界各国对新药研究的投入逐年增加.据统计,1981年全世界对R&D投入为52亿美元,至1996 年已达到450亿美元.虽然新药研究开发的投入逐年增加,但每年上市的新的一 ...
虚拟筛选服务器,SwissSimilarity:基于配体的虚拟筛选在线服务器
SwissSimilarity是Swiss系提供的一个基于配体的虚拟筛选在线服务器. 主要的用途我觉得包含几个方面,1)一个是比如有一个小分子,需要找寻它潜在的靶标位点,作为一个找靶.2)另外一个是你 ...
化合物筛选“杀手锏”：高质量化合物库+一站式虚拟筛选，这里都备齐了
化合物筛选是指从大量化合物库中筛选出特定靶点或细胞的特异活性化合物的过程.随着生物医药相关学科的发展,高通量筛选(high throughput screening, HTS)在基础研究及药物开发领域 ...
dna编码库_DNA编码化合物库，新药筛选划时代的变革
在药物发现过程中面对的主要挑战是在成本可控范围内,如何快速并且高质量地找到尽可能多的能够与靶点蛋白相结合的活性化合物.为了解决这个问题,我们不断完善并创新着筛选方法.例如在一些项目中我们通过使用高通量 ...
云课堂缺勤补签软件_在线课堂回顾 | 一小时玩转高通量虚拟筛选
云端E课堂简介云端E课堂是云端软件推出的针对云E算力平台使用的免费在线课堂,覆盖量化计算.生物科技.人工智能等领域的实操演示,云端E课堂将邀请诸多领域的大咖为学员提供最贴近实操的内容. 课程概况基 ...

最新文章

热门文章