GULP 案例 1 代码解释:声子色散曲线和态密度的计算
晶格动力学GULP程序运行过程如下:
输入文件(input),文件后缀一般为:××.gin
运行命令为:gulp < ××.gin > ZnO.dat
# < 为输入文件命令(××.gin),> 为输入文件命令(ZnO.dat)
opti conp prop phonon
#关键词:需要的计算何种性质# opti— perform optimisation run(声明是结构优化)
# conp — constant pressure calculation(声明是等压计算)
# prop — calculate properties for final geometry(声明是最终的计算性质)
# phonon — calculate phonons for final geometry(声明是计算声子相关特性)name ZnO-WZ
#声明计算物质的名字cell
3.242 3.242 5.188 90.0 90.0 120.0
#声明ZnO-WZ结构的晶格参数(晶格常数和角度)Fractional
Zn core 0.333333 0.666667 0.000000
O core 0.333333 0.666667 0.381900
#声明Zn和O原子的归一化坐标space
186
#声明物质的空间群shrink
40 40 40
# 指定倒数空间中的收缩因子。收缩因子越高,对k空间的采样越广泛,同时,k值越大越耗时!!!dispersion
0.5 0.0 0.0 to 0.0 0.0 0.0
#选择布里渊区扫描路径(高对称点)project_dos 1
Zn
# 指定输出态密度(Total和Zn原子)species
Zn 1.14
O -1.14
# 指定电荷种类和电荷量buck
Zn Zn 78.91 0.5177 0.00 0.0 12.0
Zn O 257600 0.1396 0.00 0.0 12.0Morse
O O 0.1567 1.164 3.405 0.0 12.0
#指定势函数的形式和势参数output phon ZnO
#指定输出声子色散曲线以及态密度等数据信息
完整的输入文件示下:
opti conp prop phononname ZnO-WZ
cell
3.242 3.242 5.188 90.0 90.0 120.0
frac
Zn core 0.333333 0.666667 0.000000
O core 0.333333 0.666667 0.381900
space
186
shrink
40 40 40
dispersion
0.5 0.0 0.0 to 0.0 0.0 0.0
project_dos 1
Ospecies
Zn 1.14
O -1.14buck
Zn Zn 78.91 0.5177 0.00 0.0 12.0
Zn O 257600 0.1396 0.00 0.0 12.0Morse
O O 0.1567 1.164 3.405 0.0 12.0
output phon ZnO
模拟方法:
输出文件:一般将会产生三个文件,分别为:ZnO.disp、ZnO.dens和ZnO.dat
1. ZnO.dat输出文件:主要包含一些结构信息、原子数目、空间群信息等
2. ZnO.disp 输出文件:主要是声子色散曲线的数据,还包括高对称点的信息
绘图结果如下:
3. ZnO.dens 输出文件:只要是态密度数据信息
绘图结果如下:
大家需要了解的一些概念:
声子谱(声子色散曲线)、态密度、布里渊区、高对称点、空间群、归一化坐标、波矢、倒空间、晶格常数、晶格参数
六方晶系的高对称点扫描路径:
关于高对称点的参考文献:
High-throughput electronic band structure calculations: Challenges and tools
https://doi.org/10.1016/j.commatsci.2010.05.010
欢迎大家关注微信公众号:原子与分子模拟
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