生态学笔记:利用Rstudio V.PhyloMaker包构建系统发生树
"We present V.PhyloMaker, a freely available package for R designed to generate phylog-enies for vascular plants. " (Yi Jin, Hong Qian.)
V.PhyloMaker是一款应用于R的资源包,存储了数以万计的维管束植物的系统发生信息。V.PhyloMaker由贵州师范大学生命科学学院金毅教授等人开发,涵盖了74533种维管束植物的基本信息,为想要避免繁琐地查找基因/蛋白质数据的用户构建系统发生树提供了便利。
1.在Rstudio中,输入如下命令,以安装devtools包:
install.packages("devtools")# 用于便捷地安装下面的三个包
2.在Rstudio中,输入如下命令,以安装V.PhyloMaker、plantlist和decipher三个包:
devtools::install_github("jinyizju/V.PhyloMaker")
devtools::install_github("helixcn/plantlist")
devtools::install_github("topics/decipher")
3.在Rstudio中,输入如下命令,以便生成系统发生树存储的信息文件:
library("picante")
library("V.PhyloMaker")
library("plantlist")speciesData = read.table(<这里是物种信息存放的csv文件,每行一个物种名>, header = TRUE, sep = "\t", row.names = 1, quote = "")speciesList = rownames(speciesData)
speciesInfo = subset(TPL(speciesList), select = c("YOUR_SEARCH", "POSSIBLE_GENUS", "FAMILY"))
colnames(speciesInfo) = c("species", "genus", "family")speciesTree = phylo.maker(sp.lis = speciesInfo)
finalTree = speciesTree $scenario.3write.tree(finalTree, <系统发生树信息导出的文件名,以.tre结尾>)# 本段代码参考了原始文献:V.PhyloMaker: an R package that can generate very large phylogenies for vascular plants.
4.在此之后,有两个可选方案:
①:本地软件处理(以FigTree为例)
1.安装FigTree软件所需的java环境;
2.安装FigTree软件;
3.用FigTree打开上面生成的.tre文件。
②:在线处理:
1.将.tre文件上传至https://itol.embl.de/
2.对系统发生树进行后续处理。
参考资料:
[1]雨林课堂. V.PhyloMaker:维管束植物系统发育树构建实践. CSDN-rainforestist/article/details/124144148
[2]Yi Jin, Hong Qian. V.PhyloMaker: an R package that can generate very large phylogenies for vascular plants. ECOGRAPHY.
[3]王雷宏, 王灿辉, 张华莲,等. 金寨天马自然保护区山核桃群落的系统发育结构[J]. 东北林业大学学报, 2020, 48(7):5.
[4]刘乐乐. 功能性状的谱系信号与谱系独立比较的分析方法-代码分析. 博客园-liulele/p/14604938
生态学笔记:利用Rstudio V.PhyloMaker包构建系统发生树相关推荐
- rda分析怎么做_数量生态学笔记||冗余分析(RDA)
上一节数量生态学笔记||冗余分析(RDA)概述中,我们回顾了RDA的计算过程,不管这个过程我们有没有理解透彻,我希望你能知道的是:RDA是响应变量矩阵与解释变量之间多元多重线性回归的拟合值矩阵的PCA ...
- rda冗余分析步骤_数量生态学笔记||冗余分析(RDA)
上一节数量生态学笔记||冗余分析(RDA)概述中,我们回顾了RDA的计算过程,不管这个过程我们有没有理解透彻,我希望你能知道的是:RDA是响应变量矩阵与解释变量之间多元多重线性回归的拟合值矩阵的PCA ...
- C# 利用SharpPcap实现网络包捕获嗅探
本文是利用SharpPcap实现网络包的捕获的小例子,实现了端口监控,数据包捕获等功能,主要用于学习分享. 什么是SharpPcap? SharpPcap 是一个.NET 环境下的网络包捕获框架,基于 ...
- 利用 exe4j 将 JAR 包制成免安装 JDK 的 EXE 文件
利用 exe4j 将 JAR 包制成免安装 JDK 的 EXE 文件 exe4j 的工作原理 EXE 制作教程 将 JAR 包制成能在 Windows 上直接运行的 EXE 文件,是很多 Java ...
- R语言观察日志(part5)--利用readr和readxl包读写数据
学习笔记,仅供参考 利用readr和readxl包读写数据 读取数据 相关函数 函数包readr和readxl提供了一系列的数据读入功能,主要函数如下: #readr包read_delim(file, ...
- jar构建docker镜像_dockerfile构建docker镜像详细说明,主要是springboot的jar包构建镜像样例...
dockerfile构建docker镜像详细说明,主要是springboot的jar包构建镜像样例 1.镜像构建命令:docker build 图解 启动命令:(注意最后面有一个点,不要忘记) doc ...
- 利用Azure Functions和k8s构建Serverless计算平台
题记:昨晚在一个技术社区直播分享了"利用Azure Functions和k8s构建Serverless计算平台"这一话题.整个分享分为4个部分:Serverless概念的介绍.Az ...
- Unity3d笔记——利用Animator使模型动起来
Unity3d笔记--利用Animator使模型动起来 一. 从Asset Store中下载合适的模型 二. 为模型创建Avatar 三. 增加AnimatorController文件 四. 将Ani ...
- JUnit单元测试依赖包构建路径错误解决办法
JUnit单元测试依赖包构建路径错误解决办法: 选中报错的项目文件夹→右击选择属性(ALT+Enter)→java构建路径→库→添加库→JUnit→选择合适的Junit库版本.
最新文章
- 使用ASP.NET MVC 2编程时遇到的两个小问题
- 卸载 流程_「工具」Windows 卸载软件,这一个就够了
- eclipse的安装和用VS进行单元测试
- 为什么美国程序员工作比中国程序员工作轻松、加班少?
- JavaFX 架构与框架 (译)
- Python: Console框消失
- nodejs 实践:express 最佳实践(六) express 自省获得所有的路由
- java面向对象高级分层实例_接口类
- Spring中Bean的生命中期与InitializingBean和DisposableBean接口
- Visual Studio Code(VScode)设置为中文界面
- Card Trick(模拟)
- 使用jQuery.form插件,实现完美的表单异步提交
- 傲腾服务器系统,英特尔傲腾:加速智能新常态,驱动存储新未来
- 洛达悦虎1562M各个版本固件升级教程
- 如何批量将 bmp 格式图片转换为 png 格式
- 【MC】新加载器 Quilt 好用吗?和 Fabric 相比好在哪?
- python信息采集管理系统_基于Python的求职信息采集分析系统设计与实现
- 基于socket的聊天工具
- 5万块钱的笔记本,没能让苹果“炸场”
- CPU内核部件之:MMU、MPU、ITCM、DTCM、CCM、Cache