生物图像处理软件汇总(持续更新)
生物图像处理软件汇总
- 1 前言
- 2 生物图像处理的内容
- 2.1 细胞分割(cell segmentation)
- 2.2 细胞追踪(cell tracking)
- 2.3 图像配准(image registration)
1 前言
成像(imaging)是生物学研究的常用手段之一。然而,对于生物学研究者,如何分析成像后的图像数据是一个普遍的难题。在处理数据的时候,我发现前人已经开发了许多生物图像处理软件,但是由于没有一个系统的归档,很难快速地找到能够解决自己问题的软件。即使找到了对应的软件,也需要花时间摸索软件的使用。在这一系列的博客中,我试图根据分析的内容对软件进行归档,并且附带示例,方便研究人员根据自己的研究目的选择合适的生物图像处理软件。
有一个网站https://biii.eu/,已经整理了很多的软件,就像一个网址大全。大家可以利用这个网站去搜索。本系列博客重点介绍一些代表性软件的实现原理和使用示例。
2 生物图像处理的内容
在生物学研究中,图像处理技术的使用越来越广泛。这里我列举一些我自己处理过的图像处理内容。当然,内容肯定是不全面的,希望大家可以提意见,增加更多的内容。
2.1 细胞分割(cell segmentation)
细胞分割
2.2 细胞追踪(cell tracking)
细胞追踪
2.3 图像配准(image registration)
图像配准
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