【Matlab】Matlab 读写TIFF图像

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前言

Matlab用来读取图像的函数是imread（），顾名思义image read，同样的道理写图片的函数是imwrite（）；

但是imread（）函数可以用来读取二维的图像，例如jpg、png、bmp格式以及二维的tiff图像，对于三维的Tiff图像，却无法读取整张图像，如果直接使用imread，那么被读取的是三维数据中的第一帧。

那么如何读取三维的TIFF图像呢？

读取三维TIFF

1. 获取图像信息

clear all
clc;filepath='test.tif';                                        %%图像名称与路径
Info=imfinfo(filepath);                                     %%获取图片信息并判断是否为tif

首先，我们来看Info中存储着那些信息；

其中存储着图像的基本信息，比如整个图像的大小FileSize，存储了单张图像的尺寸Width与Height，存储了图像有多少张字段，以及图像的位深 BitDepth等信息。

获得这些信息后，我们就可以准备读入图像了。

tif='tif';
format=Info.Format;
if  (strcmp(format ,tif)==0)disp('载入的不是tif图像，请确认载入的数据');                  %%确保载入的图像是tiff图像
endSlice=size(Info,1);                                            %%获取图片z向帧数
Width=Info.Width;
Height=Info.Height;

2. 准备数组

我们已经获得了图像的信息，在这之后，我们需要声明一个三维的数组，然后一层一层的读入图像就可以了；

Image=zeros(Height,Width,Slice);for i=1:SliceImage(:,:,i)=imread(filepath,i);                                  %%一层一层的读入图像
end

至此，我们读入图像的过程就已经结束，Image这个数组就是我们所获得的三维图像，后续我们只需要对这个数组进行操作即可。

写三维TIFF图像

写图像我们就用imwrite（）函数就好，但是在使用的过程中，总是出现问题，不得不说matlab对于三位TIFF图像的支持不够。所以，我都是现将图像的每一帧进行输出最后利用其它软件进行合并，例如Fiji。

for i=1:SliceJ=uint8(Image(:,:,i));           %%一层一层写出图像 %%imwrite(J,[dir,'.tif'],'WriteMode','Append');imwrite(J,[num2str(i,'%04d'),'.tif']);
end

以上代码中，被注释掉的就是直接写TIFF的代码，当TIFF图像帧数不多时，可以尝试用该方法，就是加上一个Append的写出模式，这种模式下，不可以使用parobj，否则图像是乱序的。在这里需要提醒大家，在写出图像的时候，要保证图像序号的一致性，比如，100张图像，序号应该是0001-0100.tif，而不是1-100.tif，后者的话，Fiji等软件时无法将其读入同一个图像栈的，也就无法保存。

方法一：

num2str(i,'%04d')

方法二：

sprintf（'%04d',i）

完整的代码如下

灰度tiff读写代码

clear all
clc;filepath='test.tif';                                         %%图像名称与路径
Info=imfinfo(filepath);                                      %%获取图片信息并判断是否为tiftif='tif';
format=Info.Format;
if  (strcmp(format ,tif)==0)disp('载入的不是tif图像，请确认载入的数据');                %%确保载入的图像是tiff图像
endSlice=size(Info,1);                                          %%获取图片z向帧数
Width=Info.Width;
Height=Info.Height;%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
Image=zeros(Height,Width,Slice);for i=1:SliceImage(:,:,i)=imread(filepath,i);                         %%一层一层的读入图像
end%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
for i=1:SliceJ=uint8(Image(:,:,i));                                   %%一层一层写出图像 %%imwrite(J,[num2str(i,'%4d'),'.tif'],'WriteMode','Append');imwrite(J,[num2str(i,'%04d'),'.tif']);
end

彩色tiff图像读写代码（注意，这是彩色图像的代码，灰度图像的代码在上方）

clear all
clc;filepath='test.tif';               %%图像名称与路径
Info=imfinfo(filepath);                                      %%获取图片信息并判断是否为tiftif='tif';
format=Info.Format;
if  (strcmp(format ,tif)==0)disp('载入的不是tif图像，请确认载入的数据');                %%确保载入的图像是tiff图像
endSlice=size(Info,1);                                          %%获取图片z向帧数
Width=Info.Width;
Height=Info.Height;Image=zeros(Height,Width,Slice*3);for i=1:SliceImage(:,:,(i-1)*3+1:i*3)=imread(filepath,i);                 %%一层一层的读入彩色图像
end
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
图像处理操作
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
for i=1:SliceJ=uint8(Image(:,:,(i-1)*3+1:i*3));                            %%一层一层写出图像 %%imwrite(J,[num2str(i,'%4d'),'.tif'],'WriteMode','Append');imwrite(J,[num2str(i,'%04d'),'.tif']);
end

已完。。