为什么我推荐ImageJ？

近日在丁香园的神经生物学版块图像分析软件的选择问题发了一帖，其中说明ImageJ的基本特点，但并不涉及实际操作。在此转述其基本内容，希望能引起科学网的朋友们的关注，并请有兴趣的朋友通过网络和专业文章学习具体内容。

我经常在神经生物学板块里碰到一些朋友提出图像分析的问题。这些问题有很多共性，我将其分解一下：

1. 陈述目的：“我要分析组化结果，要计数神经元，要分析荧光共聚焦图片，要分析树突长度和树突棘……”

2. 提出问题：“请问诸位大侠用什么软件分析？”

3. 附加问题：“有大侠建议用Image-Pro Plus软件分析（或者Scion Image，Neurolucida，Imaris等等），哪里可以下载到最新版/免费版/破解版？”

我曾数次回复这样的帖子，但是对很多新朋友不去搜索论坛资源、对已有经验置若罔闻，实在忍无可忍，因此特发此帖。

我认为，ImageJ是一款非常优秀的免费图像分析软件，基本可以完成神经科学领域（以及其他一些生命科学领域）基本图像分析的需要。当遇到图像分析问题时，请考虑使用这款软件。

我随便列举一些用途：

1. 免疫组织化学/原位杂交目的区域光密度分析。

2. 共聚焦图像中两种蛋白共定位的程度（相关系数计算）。

3. 免疫荧光图像分析:计数兴趣区大小、阳性点密度、数量，结构长度分析。

4. 高尔基染色的神经元或者共聚焦显微图像中表达EGFP等神经元突起（树突、轴突）长度测量，Sholl分析，突触棘计数。

5. 阳性细胞技术。

等等等等……

此软件的优点是，免费（不用担心知识产权问题），程序小，运行快，操作简单，不断有新的插件加入，非常适用于经费有限的实验室以及初入门的神经科学研究生。有一点顺便要提到，很多插件都是一些科学家/实验室自主开发的，在撰写论文时应注意对其发表的相关文章做出引用以表示对其付出的肯定与敬意。

当你掌握了ImageJ的基本原理之后，今后无论走到哪里，都不会受软件的限制。只要有网络，你就能下到ImageJ，你就能去分析图像。IPP等软件当然专业，但其实和ImageJ分析的指标都差不多，操作起来反而复杂，因此对初学者来说不太实用。当然，我并不反对实用这类软件，如果实验室资金充足，那么完全可以购买使用这些专业的软件。

转载本文请联系原作者获取授权，同时请注明本文来自王晓东科学网博客。
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