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R基础教程可先阅读：R语言编程基础第一篇：语法基础

利用plot()绘制

在上一章中我们讲过plot()绘图的基本结构，主要通过type参数来设置绘制图形的类型。

"p"：绘点(默认值)；

"l"：绘制线；

"b"：同时绘制点和线；

"c"：仅绘制参数"b"所示的线；

"o"：同时绘制点和线，且线穿过点；

"h"：绘制出点到横坐标轴的垂直线；

"s"：绘制出阶梯图(先横后纵)；

"S"：绘制出阶梯图(先纵后竖)；

"n"：作空图。

x q(-10,10)y x ^ plot(x, y, main="折线图", xlab="横坐标", ylab="纵坐标", type="o")abline(h=seq(0,100,10),col="grey")abline(v=seq(-10,10,1),col="grey")

x q(-10,10)y x ^ plot(x, y, type="n", xlab="", ylab="", axes=F) lines(x,y) #添加坐标点axis(1) #添加横轴axis(at=seq(0,100,10), side=2) #添加纵轴box() #补齐散点图的边框title(main="折线图", sub="subtitle", xlab="x轴", ylab="y轴")abline(h=seq(0,100,10),col="grey")abline(v=seq(-10,10,1),col="grey")#加上点points(x,y)

x 10,y  ^ plot(x, y, type="n", xlab="", ylab="", axes=F) lines(x,y) #添加坐标点axis(1) #添加横轴axis(at=seq(0,100,10), side=2) #添加纵轴box() #补齐散点图的边框title(main="折线图", sub="subtitle", xlab="x轴", ylab="y轴")abline(h=seq(0,100,10),col="grey")abline(v=seq(-10,10,1),col="grey")#加上点points(x,y,col="red",pch=16)

我们可以更改成渐变色，RColorBrewer包来调色。这个包慢慢的会讲解。

#更改点的颜色library(RColorBrewer)color 'Spectral')points(x,y,col=color,pch=16,cex=1.5)

但是这样感觉还是不好看，我们可以利用gplots包设置2种颜色，数值高为一种，数值低为一种，中间就为这2种颜色的渐变色。和热图的渐变色一样。

library(gplots)color <- colorpanel(20,low="red", mid="green", high="red")points(x,y,col=color,pch=16,cex=1.5)

利用ggplot2绘折线图

前面我们说过ggplot2绘制散点图是ggplot()+geom_point()格式，绘制折线图，我们只需要再加上geom_line()。在这里说明一下geom_xxx()中的参数：

• alpha: 透明度， 0-1

• colour：颜色，名称或者RGB编码

• fill：填充色

• shape：形状，同pch

• size：大小

#read in datadata = read.table('line-4.txt', sep="\t", header=T)head(data)#draw lines using ggplot2library(ggplot2)pd = position_dodge(0.3)ggplot(data, aes(Date, Weight, colour=Cultivar, group=Cultivar))+  geom_line(size=1, position=pd) +  geom_point(size=3, position=pd)

添加误差线

#add errorbarggplot(data, aes(Date, Weight, colour=Cultivar, group=Cultivar))+  geom_errorbar(aes(ymin=Weight-se, ymax=Weight+se),                width=0.2, size=0.25, colour="black",                position=pd) +  geom_line(size=1, position=pd) +  geom_point(size=3, position=pd)

利用ggplot2绘带状图

library(ggplot2)#read in datadata = read.table("ribbon_plot.txt", header=T, sep="\t")#draw the ribbonggplot(data, aes(Year, Anomaly10y)) +  geom_ribbon(aes(ymin=Anomaly10y-Unc10y, ymax=Anomaly10y+Unc10y), alpha=.2) +  geom_line()

#change the visualization, using lines instead of ribbonggplot(data, aes(Year, Anomaly10y)) +  geom_line(aes(y=Anomaly10y-Unc10y), colour="blue", linetype="dotted") +  geom_line(aes(y=Anomaly10y+Unc10y), colour="red", linetype="dotted") +  geom_line()

ggplot(data, aes(Year, Anomaly10y)) +  geom_line(aes(y=Anomaly10y-Unc10y), colour="blue") +  geom_line(aes(y=Anomaly10y+Unc10y), colour="red") +  geom_line(linetype="dotted")