昨天在听完生信技能树关于环境变量的课以后，醍醐灌顶，又去鸟叔的书里翻了翻，趁我现在还记得，抓紧把笔记做下来，所以本期介绍环境变量。

你是否想过，我们第一次进入服务器，什么都没做却能有一堆能用的变量呢？这是因为系统中有一些环境配置文件的存在。

环境变量是用来存储有关shell会话和工作环境的系统变量。

常见环境变量：

HOME：当前用户的主目录
PATH：shell查找命令的目录列表，由冒号分隔
SHELL：bashshell的全路径名
LOGNAME：当前用户的登录名
PS1：shell命令行界面的主提示符
PS2：shell命令行界面的次提示符

通过echo命令可以打印变量的值，但需要注意的是变量调用需要在前面加$。

.bashrc

系统配置文件，包含专用于你的bash shell的bash信息、设置，每次登录或打开新的shell时，该文件会被自动读取和执行。如果修改了该文件，需要source（类似于重启电脑）。

$PATH

which ls

我们知道ls命令的完整路径为/bin/ls，那么为什么我可以在任何地方直接输入ls去执行命令，而不是提示找不到该命令呢？

这就不得不提到环境变量PATH。

输入ls命令时，系统会按照PATH的设置去每个PATH的定义的路径中查找ls的可执行文件，如果PATH定义的路径中有多个ls的可执行文件，则执行先查找到的同名命令。

再举一个grep命令的例子，通过which命令可以发现grep命令位于 /bin目录中

再去查看一下$PATH中是否有该路径，确实有。

因此，我们在安装新命令后，也应该修改环境变量。

我们再回过头来看一下：安装conda的最后一步时，有一个需要输入yes/no的操作，当我们输入yes以后，.bashrc文件中多出了这么一段代码，export PATH="/home/zwang/anaconda3/bin:$PATH"，即修改了环境变量，保证了通过conda安装的软件不需要再去修改环境变量。同时，这也解释了为什么我们在安装完conda以后需要source或重启。

关于PATH的几个点

不同身份用户默认的PATH不同，默认能够随意执行的命令也不同
PATH是可以修改的
使用绝对路径或相对路径直接指定某个命令来执行会比查找PATH更准确

小环境与$PATH

经过上面的学习，我们已经能够理解$PATH和.bashrc了。

当我们运行不同的项目时，往往会由于不同软件依赖条件和环境不同而通过[conda create -n 环境名]去创建不同的小环境。

举个例子，我在名为rna的小环境下通过conda安装了fastqc。

这时在base环境下，查看fastqc的帮助文档

发现在base环境下并不能调用fastqc，我们查看一下此时的$PATH。

base环境下的$PATH

当我们激活rna环境以后，就可以成功的查看fastqc的帮助文档了

我们现在再来看看$PATH

rna环境下的$PATH

与base环境下的$PATH进行对比，我们可以发现路径/home/zwang/anaconda3/bin居然变成了/home/zwang/anaconda3/envs/rna/bin！！！

这就说明激活环境时改变了环境变量！我们再来查看fastqc的路径，确实如此！

参考资料

「生信技能树」生信入门课-2021第6期

https://mp.weixin.qq.com/s/Q-Rp2Vnr-_4sJWQ4xOLieQ

鸟哥的Linux私房菜

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Linux||环境变量

.bashrc

$PATH

小环境与$PATH

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