ICGC:国际肿瘤基因组协会简介

2024-06-15 06:52:07

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ICGC全称如下

International Cancer Genome Consortium

称之为国际肿瘤基因组协会，成立于2007年，第一个提议是构建约25000肿瘤的基因组图谱，称之为the 25K Initiative。对来自世界范围内不同肿瘤研究的数据进行整合，制定了统一的数据管理规范，使得肿瘤数据得以共享，对于肿瘤研究有极大的推动意义。
第二个提议是泛癌基因组学研究，全称如下

Pan Cancer of Whole Genomes

简称为PCAWG, 通过比较多种肿瘤的基因组图谱，分析不同肿瘤的异同。

第三个提议是加速肿瘤基因组学研究，全称如下

Accelerating Research in Genomic Oncology

简称为ARGO, 通过分析至少10万名肿瘤患者的基因组图谱和临床数据，对肿瘤的发生，治疗提供一定的参考。

3个倡议示意如下

ICGC的网址如下

https://icgc.org/

所有的肿瘤基因组数据通过Data Portal进行查看，分析和下载，网址如下

https://dcc.icgc.org/

通过cancer projects, 可以查看肿瘤研究相关项目，示意如下

可以根据肿瘤类型，组织类型，数据类型，数据来源的国家对数据进行筛选，其中肿瘤基因组学数据包括了以下几种

copy number somatic mutattions(CNSM)
structural somatic mutations(StSM)
Simple Gerlime Variants(SGV)
Array-based DNA Methylation(METH-A)
Sequence-based DNA Methylation(METH-S)
Array-based Gene Expression(EXP-A)
Sequence-based Gene Expression(EXP-S)
Protein Expression(PExP)
Sequence-based miRNA Expression(miRNA)
Exon Junctions(JCN)

通过Data Analysis可以进行以下几项分析

1. Enrichment Analysis

对特定的基因，进行富集分析, 支持reactome, Go等数据库，结果示意如下

2. Cohort Comparison

对不同肿瘤进行比较，支持生存分析，结果示意如下

3. set operations

对不同的集合进行操作，结果示意如下

4. OncoGrid

以complex heatmap的形式展示样本中基因对应的变异情况，每一行代表一个基因，每一列代表一个样本，示意如下

通过Data repositories可以下载数据，示意如下

和TCGA类似, ICGC中中丰富的肿瘤基因组学数据，也是一个可以进行深入分析与挖掘的宝藏。

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