linux处理fq文件练习

1.获得第二行

perl -alne '{print if $.%4==2}'  reads_1.fq |less -SN在这里插入代码片

##$.代表行
2.每一行长度` perl -alne ‘{print length}’ reads_1.fq |less -SN

 cat tmp.fq | paste - - - - |cut -f2 |cut -c1 |sort -r|uniq -c###统计序列开头第一个字母

cat tmp.fq |paste - - - -|cut -f 1,2 | tr '\t' '\n' | tr '@' '>' >tmp.fa## fastq转fasta

 cat tmp.fa |grep -v '^>'| grep -o [ATCGN] |wc
##统计碱基数 其中-o 打印出匹配的字符，每个字符单独一行显示

linux处理fq文件练习相关推荐

linux fastQC 操作命令,[Bio-Info]fq文件解析统计工具：FastQC在linux下初应用
FastQC用于解析统计.fastq文件.下面来简述它在linux中如何启动,以及可能碰到的问题. 效果从官网下载fastqc $ wget https://www.bioinformatics.b ...
linux中fq格式转fa,fasta/fq文件处理万能工具——Seqkit学习记录
shenwei爪哥开发的处理Fasta/Fastq文件的万能工具.之前处理fq/fa文件时花时间写的一些脚本发现在seqkit里直接能一行命令就解决.实在是提升效率,整合流程中十分好的工具.本文是对S ...
外网访问arm嵌入式linux_嵌入式Linux系统编程——文件读写访问、属性、描述符、API
Linux 的文件模型是从 Unix 的继承而来,所以 Linux 继承了 UNIX 本身的大部分特性,然后加以扩展,本章从 UNIX 系统接口来描述 Linux 系统结构的特性. 操作系统是通过一系 ...
Linux如何搜索文件的方法
#whereis 查找已经安装的软件在Linux上查找某个文件是一件比较麻烦的事情.毕竟在Linux中需要我们使用专用的"查找"命令来寻找在硬盘上的文件. Linux下的文件表 ...
windows和linux添加引导文件,Linux与Windows 10用grub引导教程-Go语言中文社区
前言去年暑假的时候,写了一篇如何装 Linux 和 Windows 10 双系统的文章发在了简书上,我写这篇文章的原因是当初装双系统确实是折腾了许久,网上也找不到一篇详尽的教程.由于去年对于写教程还 ...
Linux之查找文件命令
Linux之查找文件命令 1. find命令及选项的使用命令说明 find 在指定目录下查找文件(包括目录) find命令选项: 选项说明 -name 根据文件名(包括目录名)字查找 find命 ...
Linux里新建文件/目录的默认权限
Linux里新建文件/目录的默认权限新建文件默认权限为666,新建目录默认权限为777. 但是要"减去" umask的值,umask的值可以使用umask命令看到,一般情况下,r ...
深入理解Linux中的文件权限
Linux中文件权限 Linux中每个文件都有一个特定的拥有者(一般是创建它的用户)和所属用户组,这是它的固有属性.文件可以利用这两个固有属性来规定它的拥有者或者是所属用户组内的用户是否拥有对它的访问 ...
Linux下对文件的操作及添加新用户
Linux下对文件的操作及添加新用户一.对文件的操作 1.打包压缩文件 2.解压缩文件 3.对文件操作的其他命令二.创建新用户一.对文件的操作 1.打包压缩文件 2.解压缩文件 3.对文件操作的 ...

linux处理fq文件练习

linux处理fq文件练习相关推荐

最新文章

热门文章