R包vegan的冗余分析(RDA)
冗余分析(Redundancy analysis,RDA)是一种回归分析结合主成分分析的排序方法,也是多响应变量(multi-response)回归分析的拓展。在群落分析中常使用RDA,将物种多度的变化分解为与环境变量相关的变差(variation;或称方差,variance,因为RDA中变差=方差;由约束/典范轴承载),用以探索群落物种组成受环境变量约束的关系。
RDA的基本概念及其在群落分析中的应用,可参考前文。
本篇以某16S扩增子测序所得细菌群落数据,简介R包vegan的冗余分析(RDA)过程。
示例文件、R脚本等的百度盘链接:
https://pan.baidu.com/s/18xTqAZPa2Al2sDQpS1ysFA
某研究对三种环境中的土壤进行了采样&#x
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