聚类分析软件操作流程
2011/2/24
背景简介：
在芯片数据聚类分析中,可用的软件有很多,其中最重要的软件就是Cluster和它的相关树可视化软件TreeView。
软件下载：
那如何获取这两款软件呢？以下为两款软件的获取地址：
http://bonsai.hgc.jp/~mdehoon/software/cluster/
选择Cluster 3.0 for windows 和 JavaTreeView 下载。
Cluster 3.0 for windows 的运行环境为windows系统，所以直接点击clustersetup.exe即安装成功。
JRE软件官方下载地址为http://www.java.com/it/download/manual.jsp（For Windows版本）。
安装完JRE软件后，Treeview.jar文件会自动默认JRE打开，如下图(图-2)所示，若没有自动默认,可右击选择默认打开程序选择JAVA（TM）Platform打开。
1、Cluster的作用是应用一定的公式对一定格式的数据进行
分层聚类（hierarchical clustering）、
自组织图谱SOM（self organizing map）、
PCA（principle-componetanalysis）。
最后输出CDT和GTR格式文件 ( CDT格式为TreeView的默认打开文件格式 ) 。
2、TreeView的作用是对Cluster输出的数据进行可视化显示。
(1)数据的载入：Cluster所识别的文件格式为TXT文本文件，文件格式如下图（图-3）所示，数据可由Excel表格直接复制粘贴入文本文件。
点击菜单栏File / Opendata file 选择相应文件即可。
此处我们只对每行即各个基因进行聚类，所以将Genes区域的Cluster前复选框勾上，
(5)此时Cluster软件的使命已经完成，接下来进入TreeView进行图形输出。
(1) 软件的运行：双击（图-2）中的Treeview.jar文件。软件主界面如下图（图-7）所示。
(2) 文件的载入：同样，点击菜单栏File / Open选择Cluster输出的DAT文件，稍等片刻即如下图（图-8）所示。
(3) 显示区域的选择：用鼠标左键按住在上图（图-8）中的彩图区域选择需要的显示区域，所选区域会在右边空白区显示如下图（图-9）所示。
(4)所选区域设置：基因色块大小颜色深浅均在菜单栏Settings / PixelSettings里设置，设置界面如下图（图-10）所示。
其他，比如字体等等如有需要均可在菜单栏Settings子目录下找到相应项进行设置，此处不再赘述。
(5) 图像的输出：点击菜单栏Export / Exportto image ，设置菜单的数据默认（当然有需要也可作相应更改），点击Save按钮，则输出如下图（图-11）所示的图片。
(6) ColorBar的输出：点击菜单栏 Export/ Export ColorBar to image，设置界面如下图（图-12）所示：
对ColorBar里单个色块的多少、大小及整体的大小输出路径等都可进行设置，好！点击Save按钮即可输出图片文件如下图（图-13）所示。
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