matlab的火山图,如何用EXCEL画一张帅气的火山图？

火山图是生物信息学中常见的图表类型之一，其作用是展示差异基因的分布情况，横轴表示差异基因表达变化的倍数(Fold change)，一般常取以2为底的对数，表示为log2(FC)，而纵轴则表示p-value，亦或是更为严格的筛选标准q-value(又称adjusted p-value)，一般常取负的以10为底的对数，表示为-log10(p-value)。

常用的火山图绘制方法包括R语言的ggplot2包，芯片测序平台自带的内置软件，亦或是在线工具比如ImageGP (http://www.ehbio.com/ImageGP/index.php/Home/Index/)。

如果你不懂R语言，又不想让自己受到现成的软件作图时受到的格式上的束缚，那么你可以试一试EXCEL！

首先我们得到绘制火山图的原始数据，即包括基因名称、P(value)和log(FC)的表格。

然后我们将ID、logFC和adjusted p-value三列单独拿出来，并把adjusted p-value的数据处理成负的以10为底的对数形式。

以K、L、N三列作为数据来源创建散点图

随后调整图表格式，比如我们换一个这种稍微浮夸一些的

当然了，目前这图肯定是还有一大堆问题的，黑色背景肯定是不行的，坐标轴的位置不好，刻度看不清，区分不出差异基因等等，需要我们自己DIY处理一下，下面我们一一细说：

背景设置成无填充即可

坐标轴的标签位置设置为低，那么坐标轴标签就在左边了，顺手这些标签的颜色都调整成黑色

下面重点说说如何把上下调基因的颜色标注出来。

首先我们要把差异基因从原始数据中挑出来，筛选标准为adjusted p-value<>

我们先设置上调基因，系列名称随便填，X轴系列值设置为logFC那一列(不包括标题那一行)，Y轴系列值设置为-log10(q-value)那一列(不包括标题那一行)。

左键随便选中一个点，便可更改该系列所有点的格式

图表中所有的格式选项都是这里，可以尽情发挥自己的想象力：

另外我们还可以增加新的系列，来把我们想要展示的基因名称添加到火山图中

最后另存为保存成PDF格式，结果如下：

matlab的火山图,如何用EXCEL画一张帅气的火山图？相关推荐

如何用Excel画出漂亮的图（office 2016）
昨天有同学让我用Excel画一张简单的图,小编内心一顿嘲笑,这年代谁还用Excel画图,正准备用Matlab或者Python画图时. 那位同学给我展示了用Excel画出的折线图.我被震惊了 ...
matlab画服装版,设计师必备款式图干货｜如何绘制一张完美的款式图？看完这些你就懂了...
原标题:设计师必备款式图干货|如何绘制一张完美的款式图?看完这些你就懂了 *服装设计是艺术和技术的完美结合,服装设计是通过服装设计师经过市场调查,分析各种流行因素,进行设计构思,然后绘制出设计草图和效 ...
python 画三维函数图-如何用Matplotlib 画三维图的示例代码
最基本的三维图是由(x, y, z)三维坐标点构成的线图与散点图,可以用ax.plot3D和ax.scatter3D函数来创建,默认情况下,散点会自动改变透明度,以在平面上呈现出立体感三维的线图和散 ...
python怎么画出好看的统计图_python数据可视化之如何用matplotlib画出漂亮美观的趋势图...
这几天完成了一个小项目,matplotlib画出的图像总是不理想,很多细节需要调节,譬如横坐标的控制.图例的控制.周边留白的控制还有图片大小尺寸的控制,都需要根据业务需求来调整. 下面我一步步来说明 ...
puml绘制思维导图_如何用ProcessOn画出漂亮的思维导图
说到绘制思维导图,很多人可能都知道XMind,但不一定了解ProcessOnProcessOn - 免费在线作图,实时协作,总以为后者绘制流程图很强大,殊不知其在思维导图方面也有很强大的功能. 好工具 ...
在线作图|如何在线画一张精美的和弦图
Q1:什么是和弦图? 和弦图(chord Diagram),是一种显示矩阵中数据间相互关系的可视化方法,节点数据沿圆周径向排列,节点之间使用带权重(有宽度)的弧线链接,节点权重决定节点大小,又决定节点 ...
r语言做绘制精美pcoa图_三分钟绘制一张优美的PCoA图 | 云平台
本文主要为您迅速绘制一张优美的PCoA图提供步骤指导(1-4要点),另附细节优化方法(5及之后的要点),可后期慢慢研究调整,同时提供相关分析方法说明和参考文献,为您深入了解提供支持. 1.了解输入数据 ...
python读取excel画出饼状图_python操作Excel、openpyxl 之图表，折线图、饼图、柱状图等...
一.准备需要模块: from openpyxl.workbook import Workbook from openpyxl.chart import Series,LineChart, Refer ...
python画简便的图-如何用python画M集（1）——M集原始图的画法
很多人问我明明已经有现成的程序,为什么还要教大家自己写代码制作分形呢? 那好,既然已经有那么多人成功了,你们可以不用追求成功,就这样颓废下去,可以吗? (这个例子是不是很怪?其实我认为是一回事) im ...
matlab里表示颜色,求助：怎么画用颜色表示数值的图
本帖最后由刘兴平于 2018-7-27 22:25 编辑我下面的回复可能比较啰嗦,如果懒得看:使用imagesc()这个函数就行. 我现在有一个数据矩阵MI是 19x19 大小的,MI 矩阵的每 ...

matlab的火山图,如何用EXCEL画一张帅气的火山图？

matlab的火山图,如何用EXCEL画一张帅气的火山图？相关推荐

最新文章

热门文章