html文件下的flag,推荐一个SAM文件中flag含义解释工具
SAM是Sequence Alignment/Map 的缩写。像bwa等软件序列比对结果都会输出这样的文件。samtools网站上有专门的文档介绍SAM文件。具体地址:http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf
很多人困惑SAM文件中的第二列FLAG值是什么意思。根据文档介绍我们可以计算,但是为了方便大家,下面给大家提供一个脚本工具,大家直接输入flag值就可以知道它代表的含义了。
该脚本的使用方法如下截图所示:
脚本工具的使用方法:
将下面的代码保存在记事本里面,另存为一个html文件,如文件名:FlagExplain.html(拓展名一定要为.html)。双击既可以在浏览器里面打开了。
Explain SAM Flags
lstFlags = [["read paired", 0x1],
["read mapped in proper pair", 0x2],
["read unmapped", 0x4],
["mate unmapped", 0x8],
["read reverse strand", 0x10],
["mate reverse strand", 0x20],
["first in pair", 0x40],
["second in pair", 0x80],
["not primary alignment", 0x100],
["read fails platform/vendor quality checks", 0x200],
["read is PCR or optical duplicate", 0x400]];
function explainFlags() {
var flagValue = parseInt(document.getElementById('tb').value); //returns 0 or NaN if can't parse
var summary = "";
for(var i = 0; i < lstFlags.length; i++) {
var checkbox = document.getElementById('cb' + i)
if(lstFlags[i][1] & flagValue) {
summary += " " + lstFlags[i][0] + "
";
checkbox.checked = true;
} else {
checkbox.checked = false;
}
}
document.getElementById('summary').innerHTML = summary;
}
function checkboxClicked() {
//compute the new flag value
var newFlagValue = 0;
for(var i = 0; i < lstFlags.length; i++) {
var checkBox = document.getElementById('cb' + i);
if(checkBox.checked) {
newFlagValue |= lstFlags[i][1];
}
}
var textbox = document.getElementById('tb');
textbox.value = newFlagValue;
explainFlags();
}
This page requires JavaScript. Please enable it in your browser settings.
This utility explains SAM flags in plain English.
Flag:
Explanation:
for(var i = 0; i < lstFlags.length; i++) {
document.write(" " +lstFlags[i][0] + "
");
}
read paired read mapped in proper pair read unmapped mate unmapped read reverse strand mate reverse strand first in pair second in pair not primary alignment read fails platform/vendor quality checks read is PCR or optical duplicate
Summary:
html文件下的flag,推荐一个SAM文件中flag含义解释工具相关推荐
- 推荐一个SAM文件中flag含义解释工具--转载
SAM是Sequence Alignment/Map 的缩写.像bwa等软件序列比对结果都会输出这样的文件.samtools网站上有专门的文档介绍SAM文件.具体地址:http://samtools. ...
- 推荐一个开源文件管理系统,简单好用
大家好,我是为广大程序员兄弟操碎了心的小编,每天推荐一个小工具/源码,装满你的收藏夹,每天分享一个小技巧,让你轻松节省开发效率,实现不加班不熬夜不掉头发,是我的目标! 今天小编推荐一个开源文件 ...
- 给大家推荐一个.Net的混淆防反编译工具ConfuserEx
给大家推荐一个.Net的混淆防反编译工具ConfuserEx. 由于项目中要用到.Net的混淆防反编译工具. 在网上找了很多.Net混淆或混淆防反编译工具,如.NET Reactor.Dotfusca ...
- stata批量读入excel文件,并合并为一个dta文件
功能:读入C:\fin\data\test中的多个excel文件,并生成对应dta文件,最后把所有的dta文件合并为一个 注意:空的excel文件需要删除,否则报错,可以自行添加是否为空判断 cd C ...
- Excel文件复制追加到另一个Excel文件
Excel文件复制追加到另外一个Excel文件后 # Python: 根据模板文件,生成新的Excel表 import re from copy import copy from openpyxl i ...
- 31、SAM文件中flag含义解释工具--转载
转载:http://www.cnblogs.com/nkwy2012/p/6362996.html SAM是Sequence Alignment/Map 的缩写.像bwa等软件序列比对结果都会输出这样 ...
- 在oracle中如何复制用户的权限不够,linux 普通用户下 移动或复制一个zip文件权限不够怎么办...
切换到root有root权:方法直接修改/etc/passwd的uid和gid,将用户ID和组ID都改成0.(恶心的方法,还不如直接用su切换到root执行呐)方法二:用sudo可以是普通用户暂时获得 ...
- 【python】保存某个文件夹下所有图片名字到一个txt文件里
用python实现读取某一文件夹下的所有图片名字到一个txt文件 import os dir1='/data/Datasets/JPEGImages'#图片文件存放地址 txt1 = '/data/D ...
- python如何调用文件_如何调用另一个python文件中的代码
原博文 2017-07-10 15:56 − 无论我们选择用何种语言进行程序设计时,都不可能只有一个文件(除了"hello world"),通常情况下,我们都需要在一个文件中调用另 ...
最新文章
- 120. Triangle 三角形最小路径和
- JavaScript ES 5 语法 重构 new
- 如何实现Python调用C代码--python与C之间如何通信(swig)
- Java8 Stream流式编程,极大解放你的生产力!
- HTML表格设计用到哪些标签,网页设计:HTML表格标签
- Coding Problem 模拟
- mangos服务器架构
- GBK字符串转Unicode字符串
- js 正则表达式大全 数字、字符等
- 五种不同的微博评论数据获取方法
- 总结--上传插件Upload.js的使用
- 计算机经常断开网络,怎么解决电脑经常自动断网掉线的问题
- 免费在线客服 livezilla 中文版,安装+使用教程
- java记事本统计功能_JAVA 运用流编程实现简单的记事本功能
- HDU 4911 Inversion - 疯狂的癫子 解题心得
- ERDAS将DN值转换为TOA光谱辐射亮度时 出现建模错误原因
- c语言的if指令表示,if(赋值语句)
- 微信小程序|使用小程序制作一个节日祝福生成器
- 串口转以太网模块:WIZ108SR(用户手册)
- OpenVINO——3. OpenVINO文字识别OCR运行demo
热门文章
- [CTSC2008]图腾totem
- Django框架——模型(数据库操作)
- rabbitmq学习——队列
- 新手学MVC----MVC3.0错误 HTTP 404
- JSF 2.0/2.1 生命周期简介
- 用unison来同步你的远程文件夹 - Fwolf's Blog
- 《20天吃透Pytorch》Pytorch自动微分机制学习
- leetcode96. 不同的二叉搜索树(动态规划)
- 渐进式web应用程序_渐进式Web应用程序与加速的移动页面:有什么区别,哪种最适合您?
- 速度一半永远追不上_您将永远不会知道自己应该怎么做的一半-没关系。