利用MEGA计算π值和Ka/Ks
π值的计算
- 将之前比好的序列并保存为.mas格式的文件拖拽到MEGA里,选择analysis。
计算Π值,需要使用CDS序列,选择yes。
选择DISTANCE -> Compute Pairwise Distances
将参数设置为上图所示,选择JC校正模型。
即可得到上图所示的结果,每个单元格中的值即为π值,该值介于0~1之间,该值越趋近于0,代表着该单元格对应的两条序列之间的核苷酸差异越小。
若单元格中的值超过1,说明该单元格对应的两条序列的核苷酸差异已经大于它们自身的长度了。若出现上图所示的标红的n/c的情况,代表着两条序列的差异过大,不能利用π值来反应差异情况了。
Ka/Ks的计算
与计算π值的前两步相同,将比对好的CDS序列导进MEGA,选择analysis。
选择DISTANCE-> Compute Pairwise Distances
参数设置参考上图,密码子表根据自己序列的实际情况来选择,在这里我选择的是Standard,标准密码子表。Substitutions to Include,先选择s:Synonymous only(同义替换),再选择n:Nonsynonymous only(非同义替换)。
得到的结果为上图所示的n*n的矩阵(n为序列的个数),选择上方excel按钮,导出到一个excel表格中。
参数默认即可。
在表格的第一行插入新行,标注#Ks,提示自己这是序列两两间的非同义突变替换率。
按照刚刚的操作流程,修改参数,再计算Ka,将Ka的结果也保存在该excel中。
利用excel计算Ka/Ks,将>1的位置标注出来,这样就找到了受到正选择的作用的基因。
利用MEGA计算π值和Ka/Ks相关推荐
- Hadoop实例之Java代码实现利用MapReduce求π值
需求:假如有一个边长为1的正方形.以正方形的一个端点为圆心,以1为半径,画一个圆弧,于是在正方形内就有了一个直角扇形.在正方形里随机生成若干的点,则有些点是在扇形内,有些点是在扇形外.正方形的面积是1 ...
- python ks值计算_利用Python计算KS的实例详解
在金融领域中,我们的y值和预测得到的违约概率刚好是两个分布未知的两个分布.好的信用风控模型一般从准确性.稳定性和可解释性来评估模型.sOf免费资源网 一般来说.好人样本的分布同坏人样本的分布应该是有很 ...
- python ks值计算_Kolmogorov–Smirnov test(KS)
python金融风控评分卡模型和数据分析微专业课(博主亲自录制视频):http://dwz.date/b9vv (三)KS检验 将KS检验应用于信用评级模型主要是为了验证模型对违约对象的区分能力,通常 ...
- python计算csv文件内的数据_Python利用pandas计算多个CSV文件数据值的实例
功能:扫描当前目录下所有CSV文件并对其中文件进行统计,输出统计值到CSV文件 pip install pandas import pandas as pd import glob,os,sys in ...
- python 曲线分析_大数据分析之Python计算KS值并绘制KS曲线
本篇教程探讨了大数据分析之Python计算KS值并绘制KS曲线,希望阅读本篇文章以后大家有所收获,帮助大家对相关内容的理解更加深入. python实现KS曲线,相关使用方法请参考上篇博客-R语言实现K ...
- 蒙特卡洛python求解派_利用蒙特卡洛(Monte Carlo)方法计算π值[ 转载]
圆周率π是一个无理数,没有任何一个精确公式能够计算π值,π的计算只能采用近似算法. 国际公认的π值计算采用蒙特卡洛方法. 一.蒙特卡洛方法 蒙特卡洛(Monte Carlo)方法,又称随机抽样或统计试 ...
- 利用蒙特卡洛(Monte Carlo)方法计算π值
圆周率π是一个无理数,没有任何一个精确公式能够计算π值,π的计算只能采用近似算法. 国际公认的π值计算采用蒙特卡洛方法. 蒙特卡洛方法 蒙特卡洛(Monte Carlo)方法,又称随机抽样或统计试验方 ...
- python泰勒级数计算sinx_c语言 利用泰勒级数计算sinx的值
编程论坛 → C语言论坛 c语言 利用泰勒级数计算sinx的值 yogurtmai 发布于 2016-11-03 22:52, 19962 次点击 利用泰勒级数计算sinx的值,要求最后一项的绝对值小 ...
- python利用公式计算e的值
目录 题目 思路 代码 结果 题目 思路 先创一个i=n=1,然后让i的范围取(1,1001 + x * 1000),然后通过循环利用i的值取值内来给这个 n *= 1 / i来赋值 最后把让e += ...
最新文章
- #查找文件中是否有eee如果没有在最后加入
- 国二C语言文字选择程序选择,全国计算机等级考试二级C语言题型总结(二)——选择循环结构程序设计部分.doc...
- Python | 除法
- 怎么修改windows控制台编码?(不改了)
- 关于Oracle undostat中的2012和ORA-01555问题的自我解答
- leetcode 834. Sum of Distances in Tree | 834. 树中距离之和(树形DP)
- 字节序转换 oracle,Oracle10g同字节序跨平台迁移
- 使用git版本管理时的免密问题
- SQL Server中的“描述表”等效什么?
- 开源GIS(十)——openlayers中加载在线标准与自定义切片
- 程序员怎样练出倒三角身材
- FAT文件系统原理详细介绍
- C语言函数 思维导图
- 多功能智慧(灯杆)路灯项目建设背景及现实的意义主要体现在哪几个方面?
- 【踩坑】win10迁移系统到移动硬盘, 换系统盘,无法启动等问题
- 三星服务器锁微信,三星手机微信支付设置指纹锁步骤
- STM32 W5500 MQTT Client 发布订阅及断线重连
- 2015年9月29笔试总结
- 科研人必备英语改写神器——PARAPHRASER多语言改写
- java语言开发的万能简历解析,任何简历都可以 规范格式化数据保存入库! - CSDN博客
热门文章
- canvas学习笔记
- mysql查询当前用户中所有的表空间_oracle查看用户所在的表空间
- 12.2 关闭DLM 自动收集统计信息 (SCM0)ORA-00600之[ksliwat: bad wait time]
- 创业故事:挖人的手段
- Appops权限管理
- 我的python3.0 + RIDE搭建之路 ---全是血泪史
- Android Studio文本编辑框EditText
- Nginx证书配置:cer文件和jks文件转nginx证书.crt和key文件
- 手把手教你用深度学习做物体检测(四):模型使用
- 适合新手玩的游戏APP