plink做SNP筛选和GWAS
1.vcf转ped/map:
plink --vcf spirits.recode.vcf --recode --out test
2.统计每个snp的MAF,并将maf < 0.05; miss > 0.2的SNP筛选出来并过滤掉。
plink --file 513lines_4429snps_110506 --freq --out test
plink --file 513lines_4429snps_110506 --maf 0.05 --geno 0.2 --out test --recode
3.针对508lines_traits.txt文件中的性状进行全基因组关联分析
用excel编辑获取fid,iid文件以及表型文件:
选择个体文件:
1 L1
2 L2
3 L3
4 L4
5 L5
6 L6
7 L7
8 L8
9 L9
10 L10
FID IID T1 T2 T3
1 L1 4.5514 4.0234 1.5055
2 L2 2.4888 2.2576 1.4878
3 L3 4.9849 3.413 1.1411
4 L4 7.9829 5.8398 1.31127
5 L5 1.7586 3.088 1.7824
6 L6 2.2273 4.0377 1.943
7 L7 8.1565 4.6783 0.6993
8 L8 2.8122 3.6162 1.33192
9 L9 2.3489 4.4685 1.9838
命令:
plink --bfile test --keep keep.txt --recode --out use_test
plink --allow-no-sex --file use_test --pheno phe.txt --assoc --adjust --all-pheno --out test
生成.qassoc.adjusted,.qassoc,分别是校正p值和原始p值
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