转录组-蛋白组-代谢组关联分析
转录组-蛋白组-代谢组关联分析
简介
蛋白质是生物体内执行功能的最终载体，蛋白质组学的研究主要以质谱蛋白质组学为基础。 代谢组学是系统生物学领域中的一个新兴学科， 它通过检测外源刺激或遗传修饰后生物体内代谢物的变化来探索整个生物体的代谢机制。对生物体内生命过程中产生的一系列代谢产物做全面的分析有助于揭示基因型和表型之间的联系，整合多组学分析是目前综合分析代谢产物的最有效的方法。转录组与蛋白质组数据依据 mRNA 与蛋白之间的翻译关系彼此关联，通过此关系将 mRNA 与其翻译的蛋白整合，即通过蛋白 ID 查找与之匹配的转录本数据。蛋白质组学和代谢组学整合分析最常见的思路是基于同一条KEGG 通路的数据整合，通过找到参与某条重要的代谢通路的差异表达的蛋白质，并在代谢组学分析结果中重点关注该通路中代谢物的变化关系，基于该 KEGG 通路进一步探讨代谢物的改变是否是由蛋白质的变化所引起，据此找到参与同一生物进程（KEGG Pathway）中发生显著性变化的蛋白质和代谢物，快速锁定关键蛋白，挖掘相关靶标分子。
分析内容
分析内容
- 数据质量控制。
- 分别对mRAN，蛋白组数据，代谢组数据进行差异表达分析.
- mRNA和蛋白相关性分析
- 靶基因GO注释，KEGG富集分析。
- 关联蛋白GO注释，KEGG富集分析。
- mRNA和蛋白关联结果互作分析。
- 蛋白互作网络图。
- 差异表达代谢物分析以及皮尔森相关系数分析。
- mRNA，蛋白以及代谢组联合分析。
- 通路整合分析，基于KEGG注释筛选差异表达代谢物。
- 差异代谢物分类。
- mRNA-蛋白-代谢物通路统计以及聚类分析。
- 调控网络。
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