luzihen

GULP不是第一性动力学软件,GULP可以做MD,但是他的专长不是MD,是lattice dynamics.并不是一个层面的东西.

1、不知我的上述理解是否正确？

没毛病

2、我是用VASP软件做的MD，体系含160个原子，计算量是不是应该很大？！

用vasp做的话就是aimd,160个原子~10ps量级的计算量相当可观

3、大家在做MD时，一般依据什么选取系宗呢？VASP里面的系宗很有限，主要是NVE和NVT两种。

看你要不要控温,控温用NVT,NVE的话一般是先用NVT控温跑一段时间然后接着跑NVE,因为没有thermostat.

一般sample平衡态性质NVT就可以.

VASP不止NVE.NVT,还有NPT,NPH,还可以做meta-dynamics...功能还是可以的..

最后一点就是Al2O3这种经典体系其实可以考虑做力场动力学.不一定AIMD.

轻轻飘过之

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luzihen at 2017-06-02 19:25:34

GULP不是第一性动力学软件,GULP可以做MD,但是他的专长不是MD,是lattice dynamics.并不是一个层面的东西.

1、不知我的上述理解是否正确？

没毛病

2、我是用VASP软件做的MD，体系含160个原子，计算量是不是应该 ...

感谢您的回复。关于系综的选取，您看我以下的理解是否正确：

1、如果体系的初始温度和结束温度一样，是不是用NVT，这种计算其实也是所谓的退火计算？

2、如果体系的初始温度和结束温度不一样，是不是要用NVE？如对体系进行加热，而体系的总能量保持不变，则需选取NVE系综？

luzihen

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轻轻飘过之 at 2017-06-03 19:08:53

感谢您的回复。关于系综的选取，您看我以下的理解是否正确：

1、如果体系的初始温度和结束温度一样，是不是用NVT，这种计算其实也是所谓的退火计算？

2、如果体系的初始温度和结束温度不一样，是不是要用NVE？如 ...

1、如果体系的初始温度和结束温度一样，是不是用NVT，这种计算其实也是所谓的退火计算？

NVT系综应该是T不变,但是,如果只是Nose/Anderson thermostat控温,和你温度是否为恒温没有关系.T可以线性或者别的函数变化.

退火计算和这个没有关系,不是一个概念

2、如果体系的初始温度和结束温度不一样，是不是要用NVE？如对体系进行加热，而体系的总能量保持不变，则需选取NVE系综？

体系的初始温度和结束温度不一样加个热浴即可，可以用NVT。

NVE能量守恒,加热了如何保持总能量不变。。。

你搜一下我以前的帖子，有热浴的贴子

轻轻飘过之

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luzihen at 2017-06-04 08:39:40

1、如果体系的初始温度和结束温度一样，是不是用NVT，这种计算其实也是所谓的退火计算？

NVT系综应该是T不变,但是,如果只是Nose/Anderson thermostat控温,和你温度是否为恒温没有关系.T可以线性或者别的函数变化. ...

谢谢您的回复，我明白了。以后有问题再向您请教。

轻轻飘过之

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luzihen at 2017-06-04 08:39:40

1、如果体系的初始温度和结束温度一样，是不是用NVT，这种计算其实也是所谓的退火计算？

NVT系综应该是T不变,但是,如果只是Nose/Anderson thermostat控温,和你温度是否为恒温没有关系.T可以线性或者别的函数变化. ...

您好！我还有问题想向您请教：

我是用的VASP做的MD，由于机时的限制，每个任务最多能跑6个小时，这就意味着一个MD计算还没完成，任务就被强制结束了。这就面临着一个问题，被中断的MD计算是否可以接着前面的结果继续算下去。我查看了VASP手册，上面说只要将上次计算的CONTCAR拷贝到POSCAR就可以接着算了。可我查看计算结果，却发现了以下问题：

这是我的INCAR：

#MD-Al2O3

#electronic degrees

PREC = Normal

EDIFF = 1E-5   !or 1E-4

ENCUT = 500

LREAL = Auto

NELMIN = 8

ISYM = 0   !NO SYMMETRY

NCORE = 4

MAXMIX = 60  !resue mixer from one MD step to next; 3 times of electromic steps

#MD

IBRION = 0  !0-MD

IALGO = 48

NSW = 3000  !HOW many time steps

POTIM = 1.2 ! time step-fs

ISIF = 2

NBLOCK = 1  !How many time-step to write CON. CHG and PCDAT

KBLOCK = 50  !NBLOCK*KBLOCK--time-step to write XDATCAR

ISMEAR = -1  !Fermi-Dirac distribution

SIGMA = 0.05

NPACO = 256  !number of slots for pair correlation (PC)funstion: defaut-256

APACO = 16   !maximum distance for the evaluation of PC function in anstrom:defaut-16

LCHARG = .F.

LWAVE = .F.

NWRITE = 2  !for short runs:2; for long MD-runs:0 or 1

TEBEG = 3000

TEEND = 300

SMASS = 0    !-3-NVE, -1-annealing, larger than 0--NVT, -2-constant velocity MD

我INCAR的初始温度是3000K，结束温度是300K，选用的标准的MD计算方式(这也是VASP默认的计算方式)，通过查看手册，我知道标准的MD中已设置了Nose thermostat热浴方式(因为标准MD中没有找到设置热浴方式的参数，但是Advanced MD中有Nose/Anderson thermostat两种热浴方式，可通过MDALGO设置，但是不知Advanced MD的计算结果是否被广泛认可，因为手册上说还在测试阶段，不知是否有人用过这种方式做MD？)，-----我的问题是，在接着计算时，只将上次计算的CONTCAR拷贝到POSCAR是否就可以了？有没有必要对INCAR中的参数，如初始/结束温度，进行修改？因为我发现，第一次做MD(NSW设置为1000)时，温度就从3000K降到了300K，而第二次接着第一次的CONTCAR计算(NSW=3000，但实际只算了600多步，因为感觉计算结果不对，就终止了计算)时，温度是从300K迅速升到了3000K，这跟我的温度设置是相反的。  PS：本来是打算计算大约10000多步使温度从3000K降低300K的，但由于计算机时的限制，每次只设置了很小的时间步数------另外，第一次的MD计算温度就从3000K降到300K了，我觉得这是不是跟我设置的NSW有关系？我是不是应该一开始就将NSW设置为实际需要的步数，即10000多步

，

luzihen

引用回帖:

轻轻飘过之 at 2017-06-04 16:50:29

您好！我还有问题想向您请教：

我是用的VASP做的MD，由于机时的限制，每个任务最多能跑6个小时，这就意味着一个MD计算还没完成，任务就被强制结束了。这就面临着一个问题，被中断的MD计算是否可以接着前面的结果继 ...

一般我算死了就重算,平衡态性质还好,你这种变温度的,最好重新算.

实在没办法的话你就把温度线形插值,然后重新设置TEBEG和NSW吧.

他所谓把CONTCAR拷到POSCAR继续跑就是把最后一步原子速度拷进去了,热浴信息没有记录,VASP还是会按你写的重新来的.

luzihen

Nose和Anderson thermostat一点都不advance...经典算法,没问题的.直接用吧.

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