前两天在实验室的服务器上安装了Materials-Studio5.5，并改写了原来的脚本进行了CASTEP测试计算，由于本人不使用MS，对Linux系统和计算机不是很熟悉，过程中出现了很多不明白的地方，现把大致过程记述一下，希望大家指导，交流：

参考：

http://ce.sysu.edu.cn/hope/Item/10266.aspx

http://blog.sina.com.cn/s/blog_55c429fc0100qbex.html

http://simuworld.linkka.com/content/ms-installation

感谢：

上述作者的无私分享，Material Studio群内几位朋友的指导和无私提供licence及小木虫论坛提供发文机会。

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系统版本：CentOS release 5.6 x86_64 GNU

CPU：Intel(R) Xeon(R) CPU  E5620  @ 2.40GHz

SSH：已经安装成功

安装过程(根据第一个帖子)：

1.基于CentOS环境，又配置了以下rpm包(详细可参考MS说明文档中的system requirement)

gcc-4.1.2-50.el5

glibc-2.5-58(32-bit and 64-bit)

libgcc-4.1.2-50.el5(32-bit and 64-bit)

libstdc++-4.1.2-50.el5(32-bit and 64-bit)

没有安装compat-libstdc++-33-3.2.3-47.3

2.于各节点安装HP-MPI，安装方法：

进入解压后的文件夹：(对应系统版本进入下列相应目录进行安装，下面是版本信息)

Materials-Studio5.5/UNIX/Linux/hpmpi/   (IA32 Linux)

Materials-Studio5.5/UNIX/Linux_x86_64/hpmpi/   (IA32 Linux systems with x86_64)

Materials-Studio5.5/UNIX/Linux_IA64/hpmpi/   (IA64 Linux)

安装时需要使用root用户进行安装，终端运行CODE:

su -

，后输入密码登录为root，使用下面安装命令示例：CODE:

rpm -ivh /UNIX/Linux_x86_64/hpmpi/hpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86_64.rpm

安装后出现下面提示即成功安装CODE:

Preparing…             #####################################[100%]    1:hpmpi               #####################################[100%]

[xk6891@console hpmpi]$

3.用非root用户登录(譬如:xk6891)，将MS安装文件上传到主节点，然后解压(和大多数google例子不同的是，我没有使用ISO文件).

对MS安装文件进行提权操作：CODE:

chmod +x -R Materials-Studio5.5

进入Materials-Studio5.5/UNIX，执行：CODE:

./Install --type cluster

(并行)

(./Install 是串行)

a.指定Materials Studio安装目录(默认)

b.指定所需要安装的模块，根据自己的需要选择(全选)

c.指定License_Pack安装目录(默认。只能安装最新版本的License_Pack，低版本的License_Pack没有安装成功，?不知是否真是如此)

d.开启网关(默认)

e.选择临时文件夹(注意：建议不要放在共享目录下，每个节点放一个temp，这样可以减少节点间的通信量，提高性能。比如说我的安装目录是/export/home/xk6891/Accelrys/MaterialsStudio55，Accelrys是我要共享给其他节点的目录，那temp我就放在/export/home/xk6891/下，用MS的用户创建，保证可写入。其他每个节点的用户目录下都创建一个temp目录。?不知这个文件夹到底是什么用处，貌似里面没有产生什么文件)

4.安装完成后将Accelrys目录共享给其他节点，方法如下：

编辑/etc/exports，加入下面一行内容：CODE:

/export/home/xk6891/Accelrys *(rw,no_root_squash)

(?网上搜到的帖子都有这一步，我没有做)

各个节点重启了NFS服务：CODE:

service nfs restart

(这个进行了)

然后到其他节点上使用root用户登录，执行挂载命令：CODE:

mount -t nfs 主节点名:/export/home/xk6891/Accelrys/    /export/home/xk6891/Accelrys/

由于mount时，报错：Permission denied，(所以这一步也没有进行)

5.导入证书.msi.lic文件，将licenses文件中里第一行中的机器名改为你的主节点的机器名后，文件名改为msi.lic放到/export/home/xk6891/Accelrys/LicensePack/Licenses里。在Terminal中运行：CODE:

/export/home/xk6891/Accelrys/LicensePack/linux/bin/lp_admin

(采用图形方式导入)

(或者如果没有图形界面的话，使用下面命令可以启用命令行的Licenses administration Tools：CODE:

/export/home/xk6891/Accelrys/LicensePack/linux/bin/license_admin -cw

或者CODE:

/export/home/xk6891/Accelrys/LicensePack/linux/bin/license_admin --console-wizard

)

6.修改/export/home/xk6891/Accelrys/MaterialsStudio55/share/data下的machines.LINUX，写上各节点的机器名：CPU数。

修改/export/home/xk6891/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/Gateway/root_default/dsd/conf里两个文件里的CPU数为你各节点CPU总数。(?查看这两处文件已经格式正确，本人未做修改)

7.重新启动网关，进入/export/home/xk6891/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/Gateway，执行CODE:

./msgateway_control_18888 restart

由于之前安装的时候没有将Gateway注册为自动启动服务的话，可执行下面的命令CODE:

cp /export/home/xk6891/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/Gateway/msgateway_control_18888 /etc/rc.d/init.d/msgateway_control_18888

CODE:

/sbin/chkconfig --add msgateway_control_18888

至此，安装基本完成

备注：

1. 防火墙配置要注意，测试时请先关闭防火墙及SELinux

2. SSH免认证配置需要仔细进行权限配置，一般出问题了都是权限的问题。

3. 上述过程中，NFS和Portmap服务没有注册为自动启动，nfs共享目录也没有进行自动挂载，当节点关机后需要重新进行挂载。同样，License服务也没有注册为系统服务，重启后可能需要重新启动License认证服务。

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进行测试结果：

Package    : Material Studio-5.5-CASTEP

System     :Fe(/export/home/xk6891/Accelrys/MaterialsStudio55/share/Examples/Projects/CASTEP/Fe_phonons Files/Documents/Fe CASTEP GeomOpt)

vendor_id        :GenuineIntel

cpu name        :Intel(R) Xeon(R) CPU E5620  @ 2.40GHz

cpu MHz        :1600.000

cache size        :12288 KB

Task         :Geometry Optimization(By xk6891 @9.10.2011)

Processors    Script submit(脚本提交)       Command submit(命令行提交)

(num)         Time(s)     Memory(Kb)            Time(s)      Memory(Kb)

1               857.33      66488                     809.86       67188

2               447.36      69116                     454.32       69632

3                  ------          -----                     323.16       72004

4               241.79      74372                     240.86       74120

5               775.30      76088                     797.08       75188

6               425.34      80032                     442.31       80672

7               785.54      80188                     818.97       79612

8               249.00      84076                     249.26       83940

这个结果很令我郁闷，脚本提交时，(1，2，4，5，6，7，8)个核均能完成100步的优化，3个核只能进行24步优化，然后就产生错误。而采用命令行提交：CODE:

./RunCastep.sh -np p Fe

3个核可以计算(?不明白why?)

采用(5，6，7，8)个核所耗费时间更多，8个核没有4个核的效率高，而且也无法跨节点提交作业(一个节点有两个CPU，共八个核)

(?不知道这个是什么原因造成的，并行效率太差，是我安装过程中哪一步出现的错误？恳请高手指点，不胜感激)