不用linux转录组数据分析,玩转RNA-seq数据也可以不需要linux ？

Hepatocytes direct the formation of a pro-metastatic niche in the liver. Nature 2019 Mar;567(7747):249-252.

看到这篇实验文章 [ PMID:30842658]，它里面用到了mRNA-seq技术：We next performed mRNA sequencing on RNA isolated from the livers of control and KPC mice.

We identified 275 differentially expressed genes, and found that genes upregulated in KPC mice were associated with immune-related processes.

但是我看了看文章的方法部分，并没有介绍linux环境或者R数据处理，只有纯粹的软件工具。

文章用到的数据公布在 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE109480 ：

提供表达矩阵下载：

下载文件，其实我们会R的话，就可以进入R处理它们：

rm(list = ls())

options(stringsAsFactors = F)

setwd('files/')

el=lapply(list.files(pattern = '*.gz'),function(x){

read.table(x,header = T,row.names = 1)[,9,drop=FALSE]

})

lapply(el, head)

exprSet=do.call(cbind,el)

colnames(exprSet)=paste0(c('control','KPC'),c(1:5,1:5))

# The reads per 1k bases of exon model per million mapped reads.

# (http://www.nature.com/nmeth/journal/v5/n7/abs/nmeth.1226.html)差异分析后的热图

功能富集及注释

chemoattractant相关基因集的表达量分布

GSEA分析挑选感兴趣通路Enrichment of IL-6–JAK–STAT3 signalling genes in the liver (n = 5 for control mice and NTB KPC mice).

写在后面

真正的粉丝看到这样的标题肯定会以为我们公众号被盗了，居然不推荐一个纯正的生信工程师学linux，开什么国际玩笑！

是的，本文并没有劝退大家离开linux的意思，相反，我会极力推广：

视频都在B站：

其实吧，如果只是为了获得表达矩阵，那当然，linux不重要，可是，表达矩阵只不过是转录组数据分析的冰山一角：

会linux，你的数据有无限的可能！

明天，我们会系统性的整理linux学习路线，前面我更新了针对生信工程师R语言入门指南，见：生信分析人员如何系统入门R(2019更新版) ，广受好评，反响热烈，趁热打铁我应该把剩余的3个知识点也认真系统更新一下，恰好今天授课讲解的就是linux学习路线图！

敬请期待哦！

不用linux转录组数据分析,玩转RNA-seq数据也可以不需要linux ？相关推荐

不用linux转录组数据分析,RNA-seq转录组数据分析
B站:RNA-seq转录组数据分析入门实战 1 linux常用命令 touch text.txt #新建文件 rm -rf /var/log/httpd/access #将会删除/var/log/ht ...
不用linux转录组数据分析,无参考基因组的转录组测序分析流程
下边上干货. 1. 分析流程: 2. 分析步骤 2.1 数据预处理,质控过程,与有参考的转录组分析一致 2.2 UniGene拼接目的:将预处理后reads进行拼接,得到拼接结果. 原理: 应用 de ...
不用linux转录组数据分析,没有生物学重复的转录组数据怎么进行差异分析？
设置生物学重复这个环节也是你实验设计很重要的一part,设置的好对你下游分析也有利,通常我们做转录组测序,需要的样本量每组至少为3个生物学重复,这个处理起来就很合理,并且现在流行的差异分析软件DEse ...
【Pandas数据处理100例目录】Python数据分析玩转Excel表格数据
前言大家好,我是阿光. 本专栏整理了<Pandas数据分析处理>,内包含了各种常见的数据处理,以及Pandas内置函数的使用方法,帮助我们快速便捷的处理表格数据. 正在更新中~ ✨
大数据开发成长之路——Linux基础
Linux基础这里主要介绍学习大数据过程中用到的Linux基础知识,现在主攻的方向是大数据开发,欢迎大家共同交流. 环境推荐安装VMware虚拟机并安装CentOS操作系统,具体资源的下载和安装可 ...
RNA-seq：转录组数据分析处理（上）
RNA-seq:转录组数据分析处理(上) 目录 RNA-seq:转录组数据分析处理(上) 一.流程概括二.准备工作 1. fastq测序文件 2.注释文件和基因组文件的获取三.软件安装四.质量汇 ...
Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（三）
Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(一) Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(二) 收藏|北大生信平台"单细胞分析.染色质分析"视频和PPT分享生信老司机以中心法 ...
一文掌握RNA seq，RNA seq课程大汇总
RNA测序(RNA-seq)在过往十年里逐渐成为全转录组水平分析差异基因表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具.RNA-seq帮助大家对RNA生物学的理解会越来越全面:从转录本在何时何地转录到RNA ...
Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（九）- Scater包单细胞过滤
往期系列 Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(一) Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(二) Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(三) Hemberg-lab单细胞转录组数据分 ...

不用linux转录组数据分析,玩转RNA-seq数据也可以不需要linux ？

不用linux转录组数据分析,玩转RNA-seq数据也可以不需要linux ？相关推荐

最新文章

热门文章