可视化应用实战案例:绘制交互式+pdf+png等多格式桑基图
写在前面
桑基图挺好看的,用于观察不同门类之间的从属关系,并且绘制很漂亮的结构图,当然可以用于很多个地方。这里我们用微生物组数据的phyloseq对象,很快很方便的为大家构建一个桑基图。所以如果你有phyloseq对象直接来试试吧。
实战
导入需要R包
library(ggClusterNet)
library(tidyverse)
library(phyloseq)
library(tidyverse)
library(viridis)
library(patchwork)
library(networkD3)
data(ps)
我们将微生物数据按照属水平合并,然后取前五十个丰度最高的属,然后去除Unassigned”) %>% vegan_tax() %>%的微生物。注意这几个函数存在于ggClusterNet中,注意下载安装。
tax = ps %>% ggClusterNet::tax_glom_wt(ranks = 6) %>%filter_OTU_ps(50) %>%subset_taxa(Genus != "Unassigned") %>%vegan_tax() %>%as.data.frame()
head(tax)
构建连接,一个源—-一个目标。标记一下不同分类等级的标签。
id2 = c("k","p","c","o","f","g")
dat = NULL
for (i in 1:5) {dat <- tax[,c(i,i+1)] %>% distinct(.keep_all = TRUE) colnames(dat) = c("so
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