lammps教程：晶体建模之Atomsk方法（1）

每次进行lammps模拟都需要进行建模，前面几篇文章主要介绍了lammps自带的建模命令，比较简单的模型使用lammps建模比较方便。

如果模型比较复杂，建议使用其他建模软件，如MS、Atomsk等。

建模软件没有优劣之分，我们的目的就是建好模型，满足模拟需要就可以。

不同的建模软件适用范围也不一样，灵活搭配使用效果更好。

比如，我一般使用MS进行聚合物建模，使用Atomsk进行位错建模，并不局限于一种建模软件。

Atomsk可以自己建立晶胞，也可以使用网上下载的晶体cif文件进行扩胞。

Atomsk软件很小，没有可视化的操作界面，主要是通过命令行的形式进行建模。

只要掌握了常用的那几条命令基本上就够用了。

这个文章以建立长方形Al块为例介绍规则晶体的建模方法，主要的建模过程为：

1.下载安装Atomsk软件

以windows系统为例，新建一个文件夹存储建模文件，将安装目录里的Atomsk.exe文件拷贝到刚才新建的文件内。

开始菜单->cmd，打开命令行输入窗口，使用CD命令进入刚才新建的文件夹。

2.建立Al单胞
Al为fcc类型，晶格常数4.05，使用create命令建立一个Al单胞，结果存储到Al_cell.xsf。

atomsk.exe --create fcc 4.05 Al Al_cell.xsf

结果如下：

3 建立超晶胞
使用duplicate命令在xyz三个方向进行扩胞，建立超晶胞Al_supercell.lmp。

atomsk.exe Al_cell.xsf -duplicate 5 5 5 Al_supercell.lmp

结果如下图：

Al_supercell.lmp文件就是可以被lammps直接读取的data文件。
上面的命令也可以合并为一条命令：

#建立W的模型
atomsk.exe --create bcc 3.155 W -duplicate 5 5 5 W.lmp
#hcp类型,-orthogonal-cell命令可把模型转换为正交类型
atomsk.exe --create hcp 3.21 5.213 Mg -orthogonal-cell -duplicate 3 4 5 Mg.lmp

更多lammps案例代码，微信公众号：lammps加油站

lammps交流请加qq群：

lammps教程：晶体建模之Atomsk方法（1）相关推荐

lammps教程：分子模板编写方法
大家好,我是小马老师. 本文介绍lammps分子模拟的编写方法. 最近几个学员咨询到了甲烷分子模板和水分子模板的编写问题,水分子的模板已经有很多,可以直接下载,但是甲烷的相对较少. 本文介绍一种相对简 ...
lammps教程：Cu孪晶建模方法
上一次文章介绍了Atomsk软件建立孪晶的方法,有朋友咨询使用lammps自带命令建立孪晶的方法. 本文以Cu为例介绍lammps孪晶建模方法. 使用lammps建模,首先要确定xyz坐标轴对应的晶向 ...
lammps教程：hcp类型晶格建模缺陷及解决方案
大家好,我是小马老师. lammps自带建模命令,对于一些常用的晶格如fcc.bcc等可以很方便地构建晶体模型. 但是,对于hcp类型的晶体,lammps在细节上处理的不够完美. 虽然都是hcp结构, ...
MAYA游戏角色建模的快速方法介绍，教程简单步骤具体！助你早日月薪2W+
MAYA游戏角色建模的快速方法和一些具体的步骤,教程写的比较简单,当然这些也是一个熟练的角色建模师应该具备的知识.希望朋友们喜欢这篇教程. 1.把背景放到FRONT视图里对齐中线.polygon--- ...
lammps教程：cvff势函数参数设置方法
大家好,我是小马老师. 本文介绍lammps模拟中cvff势设置方法. cvff势由pair.bond.angle.dihedral.improper等势组成,在ms中直接设置cvff势即可,但是在l ...
lammps教程：径向分布函数g(r)的计算与输出方法
大家好,我是小马老师. 本文介绍如何使用lammps计算径向分布函数g®. 径向分布函数(Radial distribution function)是指给定某个粒子的坐标,其他粒子在空间的分布几率. ...
MATLAB使用Simulink 进行建模与仿真方法 - Simulink基本操作与入门教程
Simulink 是 MATLAB 很强大的功能组件,广泛用于系统建模.仿真和分析.下面分享给大家MATLAB使用Simulink 进行建模与仿真方法.步骤,希望能够帮助大家. 1 工具/原料电脑 ...
lammps教程：实例讲解npt、nvt系综的选择
对于lammps新手来说,系综的选择令人困惑,到底是应该用nvt系综还是npt系综? 我在初学lammps时就被这个问题困扰了很久.如果去问别人,可能会告诉你一个答案:根据模拟需要确定. 其实和没说一 ...
lammps软件_Lammps模型构建的方法之一：组合模型构建
对于Lammps初学者,建模的方法主要有以下几种:1.在Lammps中自行建模,适合金属等简单的模型,如果遇到聚合物就比较麻烦了:2.通过第三方软件建模,例如:Matlab.Python.VMD.Ma ...
lammps教程：平均值输出fix ave/time命令详解
lammps模拟输出方式有很多,前面几篇文章也介绍过,对于模拟总体系的值一般使用thermo命令输出,而单个原子的变量值使用dump命令输出. 今天主要讨论一下体系量值的输出,使用thermo命令有两 ...

lammps教程：晶体建模之Atomsk方法（1）

lammps教程：晶体建模之Atomsk方法（1）相关推荐

最新文章

热门文章