lammps教程：分子模板编写方法

大家好，我是小马老师。

本文介绍lammps分子模拟的编写方法。

最近几个学员咨询到了甲烷分子模板和水分子模板的编写问题，水分子的模板已经有很多，可以直接下载，但是甲烷的相对较少。

本文介绍一种相对简单的分子模板编写方法，理论上可通过本方法编写任意分子模板。

所谓分子模板，记录了分子的拓扑结构信息，比如包含原子数量、键角数量、原子坐标、键角拓扑关系等信息。

只要我们把分子的以上信息按照分子模板的结构录入进去即可。

关键是这些信息从哪里获得？

比较简单的方式是在MS中建一个分子结构，然后设置力场后导出car文件，使用msi2lmp命令转换为data文件。

如编写甲烷的分子模板，现在MS中建一个甲烷的分子结构：

导出data文件后，用记事本打开data文件，会发现data文件已经包含分子模板所需要的结构信息。

但是这个data的编写格式与lammps分子模板的格式不同，不能直接把data文件作为分子模板使用。

需要做的就是找到一个现有的分子模板，如水分子的模板，然后把甲烷data文件中的信息复制到标准的水分子模板。

下面详细介绍一下过程，左侧为水分子模板，右侧为甲烷data文件，把右侧红框内的数据按箭头指示的方向粘贴到左侧红框位置即可。
（1）头部原子信息

（2）原子坐标

（3）原子类型

（4）原子电荷

（5)Bond信息

（6）Angle信息

水分子后面的shake等信息可删掉不用，经过修改后的甲烷分子模板就做好了。
全部内容如下：

# CH4 molecule.5 atoms
4 bonds
6 anglesCoords1 -2.713754568     0.341746078     0.000420878
2 -3.095133952    -0.696266757     0.277336151
3 -3.093758964     0.621879479    -1.037232238
4 -3.092376235     1.101254757     0.761601155
5 -1.573754499     0.340115085    -0.000022375   Types1        1
2        2
3        2
4        2
5        2   Charges1       -0.4
2        0.1
3        0.1
4    0.1
5    0.1Bonds1   1      1      2
2   1      1      3
3   1      1      4
4   1      1      5Angles1   1      2      1      3
2   1      2      1      4
3   1      2      1      5
4   1      3      1      4
5   1      3      1      5
6   1      4      1      5

使用以下命令即可在lammps中添加甲烷分子：

molecule CH4 CH4.txt
create_atoms 0 random 500 12345 box mol CH4 12345 units box

-#----------------------------
公众号：lammps加油站

lammps教程：分子模板编写方法相关推荐

Django 3.2.5博客开发教程:一些常用的模板使用方法
一.django static文件的引入方式 1.在django project中创建 static文件夹 2.settings.py中配置要在 STATIC_URL = '/static/' 下边 ...
c/c++教程 - 2.4.1 类和对象，封装，class和struct的区别，成员属性设为私有，类拆分成.h.c文件编写方法
目录 4. 类和对象 4.1 封装 4.1.1 封装的意义 4.1.2 class和struct的区别 4.1.3 成员属性设置为私有 4.1.4 类拆分成.h.c编写方法相关教程 4. 类和对象 ...
db2导入发生错误显示不是绝对路径_AE入门教程: ae模板的导入与使用方法
AE是一个灵活的基于层的2D和3D后期合成软件,包含了上百种特效及预置动画效果.很多想要自学AE的朋友都苦于没有详细的入门教程,今天本站就为大家带来AE入门教程: ae模板的导入与使用方法. Mac版 ...
lammps教程：Cu孪晶建模方法
上一次文章介绍了Atomsk软件建立孪晶的方法,有朋友咨询使用lammps自带命令建立孪晶的方法. 本文以Cu为例介绍lammps孪晶建模方法. 使用lammps建模,首先要确定xyz坐标轴对应的晶向 ...
lammps教程：径向分布函数g(r)的计算与输出方法
大家好,我是小马老师. 本文介绍如何使用lammps计算径向分布函数g®. 径向分布函数(Radial distribution function)是指给定某个粒子的坐标,其他粒子在空间的分布几率. ...
Smarty中文手册,Smarty教程,Smarty模板的入门教材
Smarty中文手册,Smarty教程,Smarty模板的入门教材首先,这份Smarty中文手册的翻译工作是由喜悦国际村村民自发组织的,不代表任何人的意见和观点.对他们的无私奉献精神,我们表示感谢, ...
django 1.8 官方文档翻译： 1-3-1 高级教程：如何编写可重用的应用
高级教程:如何编写可重用的应用本高级教程上接教程 6.我们将把我们的网页投票转换成一个独立的Python包,这样你可以在其它项目中重用或者分享给其它人. 如果你最近没有完成教程1–6,我们建议你阅读 ...
MPB：山大倪金凤组-培菌白蚁肠道簇虫分离与分子鉴定的方法
为进一步提高<微生物组实验手册>稿件质量,本项目新增大众评审环节.文章在通过同行评审后,采用公众号推送方式分享全文,任何人均可在线提交修改意见.公众号格式显示略有问题,建议电脑端点击文末阅 ...
Java培训教程：”==“和 equals 方法究竟有什么区别?
在学习java技术过程中,我们会接触到一些变量值的相关知识,本期小编为大家介绍的教程就是关于"=="和 equals 方法究竟有什么区别?来看看下面的详细介绍. Java培训教程: ...

lammps教程：分子模板编写方法

lammps教程：分子模板编写方法相关推荐

最新文章

热门文章