多个基因集富集结果泡泡图绘制展示
多个基因集富集结果展示
通常我们会同时对多个基因集分别进行富集分析,结果放在一起展示。这时我们需要在富集结果后面加一列,标记该结果是哪个基因集的富集,在Excel
中可以很方便地操作。如下面动图所示,分组的名字自己根据实际取名即可。
有了这个多组基因富集后整合起来的数据,就可以用BIC绘图了。数据粘贴就不展示了,直接看参数选择。
与单组富集结果相比,最大的改动就在:
新增的
Group
列而非log_odds_ratio
列作为横轴(X-axis
)信息
提交后获得结果。图中每个点代表一个富集的条目,在Y
轴有对应标记。每一列是一组基因的富集结果。三组共有的富集在最上面,2组共有的富集在中间,每组特有的富集在底部。每个点的大小代表用于分析的基因集中匹配到该通路的基因数目,颜色代表富集程度。
如果希望在显示多组时,依然保留log_odds_ratio
的信息,也可以。这里换一套数据更好展示(因为Group2、Group3是模拟数据,直接从Group1中抽取出来的,所以绘制出来会存在重叠)
GOID Ontology Term Level q m t k log_odds_ratio p Group
GO:0006730 biological_process one-carbon metabolic process 4 340 57 45240 13378 1.012309306 0.001481151 Group1
GO:0007154 biological_process cell communication 2 2169 6843 45240 13378 0.100137585 0.007326261 Group1
GO:0007165 biological_process signal transduction 5 1955 6136 45240 13378 0.107606604 0.006325629 Group1
GO:0023052 biological_process signaling 1 2100 6613 45240 13378 0.102820905 0.006590727 Group1
GO:0044700 biological_process single organism signaling 2 2100 6613 45240 13378 0.102820905 0.006590727 Group1
GO:0050896 biological_process response to stimulus 1 3251 10438 45240 13378 0.074846633 0.012472089 Group1
GO:0006730 biological_process one-carbon metabolic process 4 340 57 45240 13378 1.212309306 0.001481151 Group2
GO:0007154 biological_process cell communication 2 2169 6843 45240 13378 0.200137585 0.007326261 Group2
GO:0007165 biological_process signal transduction 5 1955 6136 45240 13378 0.207606604 0.006325629 Group2
GO:0023052 biological_process signaling 1 2100 6613 45240 13378 0.302820905 0.006590727 Group2
GO:0007165 biological_process signal transduction 5 1955 6136 45240 13378 0.307606604 0.006325629 Group3
GO:0023052 biological_process signaling 1 2100 6613 45240 13378 0.202820905 0.006590727 Group3
log_odds_ratio
列依然作为横轴(X-axis
)信息新增的
Group
列作为Shape variable
,用不同的形状表示不同的组Shape variable order
是可选项,调节组的顺序,默认不填写或按需设置都可修改下颜色,用
colorPicker
设置,前面工具有介绍
提交后获得结果。图中每个点代表一个富集的条目,在Y
轴有对应标记。这些条目按其log_odds_ratio
的值排序后展示,log_odds_ratio
高的条目在Y轴上方展示;每个点的大小代表用于分析的基因集中匹配到该通路的基因数目,颜色代表富集程度。点的形状则代表其所属的组信息。
但是这个图出现了一个问题,图例显示不全。最简单的解决办法就是把图的宽度和高度调大。
结果就正常了,可以下载PDF版、PPT版(如果选了参数)和对应的R代码
往期精品(点击图片直达文字对应教程)
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
机器学习
后台回复“生信宝典福利第一波”或点击阅读原文获取教程合集
多个基因集富集结果泡泡图绘制展示相关推荐
- 单个基因集富集分析泡泡图绘制
富集分析是生物信息分析中快速了解目标基因或目标区域功能倾向性的最重要方法之一.其中代表性的计算方式有两种: 一是基于筛选的差异基因,采用超几何检验判断上调或下调基因在哪些GO或KEGG或其它定义的通路 ...
- GO/KEGG富集分析泡泡图中为什么基因的数目是小数?
在上次转录组可视化课程中,有位老师看到富集分析泡泡图的图例中的Count存在小数,于是提出了这么一个问题:为什么基因的数目有小数? 之前没有注意过这个问题,应该是ggplot2默认的图例生成方式所导致 ...
- 点点鼠标在线绘制GO/KEGG富集分析泡泡图
单个基因集富集分析泡泡图绘制
- 一个R包完成单细胞基因集富集分析 (全代码)
singleseqgset | 单细胞RNA-Seq基因集富集分析 NGS系列文章包括NGS基础.转录组分析 (Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这).ChIP-seq分析 (Ch ...
- R语言学习 - 富集分析泡泡图
功能富集泡泡图 功能富集分析用来展示某一组基因(一般是单个样品上调或下调的基因)倾向参与哪些功能调控通路,对从整体理解变化了的基因的功能和潜在的调控意义具有指导作用,也是文章发表中一个有意义的美图.通 ...
- R 学习 - 富集分析泡泡图回应
R语言学习 - 富集分析泡泡图 刚一出品,Y叔就说有硬伤.Y叔是著名富集分析软件clusterprofiler的原创,而且软件内集成dotplot, enrichmap,cnetmap (后续也实现这 ...
- ClusterProfiler在线基因集富集分析,支持自定义基因集、任意物种
为什么pathway富集分析结果没有我感兴趣的通路? GO和KEGG富集分析使用差异基因(上调基因,下调基因,或者上下调合起来的基因)作为输入,使用超几何分布等算法计算显著富集的GO term或者通路 ...
- 单基因gsea_GSEA:基因集富集分析和ssGSEA:单样本基因集富集分析
传统富集分析(基于超几何分布或者Fisher精确检验):关注一列差异基因是否是随机分布在某一感兴趣的基因集中(某通路的基因) 得到通路富集的结果时: (1).一条通路中既有上调基因又有下调基因,无法确 ...
- ChIP-seq 分析:基因集富集(11)
动动发财的小手,点个赞吧! 1. 基因集检测 转录因子或表观遗传标记可能作用于按共同生物学特征(共享生物学功能.RNAseq 实验中的共同调控等)分组的特定基因组. ChIPseq 分析中的一个常见步 ...
最新文章
- By.Xpath快速定位页面元素常用方法
- SparkStreaming和Storm的区别
- Scott Mitchell 的ASP.NET 2.0数据教程之二十一:: 实现开放式并发
- sqoop实现Mysql、Oracle与hdfs之间数据的互导
- 使用wss和HTTPS / TLS保护WebSocket的安全
- python爬虫数据可视化软件_python爬虫及数据可视化分析
- 反转dataframe
- 苹果公布iPhone 12屏幕更换价格,果然没让人失望!
- spark DataSet与DataFrame的区别
- Atitit 董事会主席董事长之道 attilax著 艾龙著 1. 董事会主席 会长董事长	1 1.1. 董事会职责	1 1.2. 董事长职权	2 1.3. 议事规则	2 1.4. 联系职位简称	3
- python使用PIL把透明背景图片转成白色背景
- 数据分析从零到精通第五课 数据流量、策略、入口资源和AB实验设计
- PDF太大怎么办?缩小PDF的4种常用方法
- matlab 图中图
- 路由器交换机之重设密码
- 计算机变成英语,原来是中文的电脑电脑系统变成英文了
- 软件版本号:命名、说明、规范
- lucene ---- 黑马教程
- 最优停止理论-有限层确定问题和dp算法
- 常用集成电路名词缩写汇总(第二版)
热门文章
- 作者:刘岩(1982-),男,泰康保险集团股份有限公司数据信息中心高级工程师、高级主管,中国计算机学会会员...
- freemarker -基本概念
- 【算法分析与设计】经典排序算法实现
- Kettle定时抽取两个库中的两个表到目标库SYS_OPLOG表
- Android UI开发第八篇——ViewFlipper 左右滑动效果
- 生产性企业CO部分月结流程及系统步骤
- Angle Admin Template介绍
- Why React?
- Ubuntu 下修改 Could not reliably determine the serve
- 利用html 5 websocket做个山寨版web聊天室(手写C#服务器)