MSA多序列比对（multiple sequence alignment）

把两个以上序列对齐，逐列比较其字符的异同，使得每一列的字符尽可能一致，以发现其共同的结构特征

文章中作者通过多序列比对找出与人蛋白质相似的来自其他物种的蛋白质序列

MSA的作用

使得参与比对的序列有尽可能多的列具有相同的字符，使得相同残基的位点位于同一列，以便发现不同序列之间的相似部分，从而推测他们结构和功能上面的相似关系

确认：一个未知的序列是否属于某个家族
建立：系统发生树，查看物种间或者序列间的关系
模式识别：一些特别保守的序列片段往往对应重要的功能区域，通过多序列比对，可以找到这些保守的片段
已知推断未知：把已知有特殊功能的序列片段通过多序列比对做成模型，然后根据该模型推断未知的序列片段是否具有该功能
其他：预测蛋白质/RNA二级结构
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多序列比对网站：www.ebi.ac.uk/Tools/msa/
tcoffee.crg.
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