Java环境下运行fastqc_质控软件fastQC的安装及用法
FastQC是一款基于Java的软件,它可以快速地对测序数据进行质量评估,得到多个测序数据的质量参数,让我们对测序数据质量有个初步的认识,从而判断后续的质控如何进行。
FastQC的下载与安装
1、安装路径
cd /data/hushy/tools/
2、下载
nohup wget -c http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.8.zip &
3、解压
unzip fastqc_v0.11.5.zip
4、进入解压目录
cd /data/hushy/tools/FastQC
5、设置可执行权限
chmod u+x fastqc #chmod 754 fastqc
6、配置环境变量
vim ~/.bashrc
export PATH="/data/hushy/tools/FastQC:$PATH" # 添加至文件最后一行
source ~/.bashrc #使配置文件生效
fastqc --help #测试
FastQC基本用法
语法
fastqc seqfile1 seqfile2 .. seqfileN
fastqc [-o output dir] [--(no)extract] [-f fastq|bam|sam] [-c contaminant file] seqfile1 .. seqfileN
常用参数说明
-o --outdir FastQC生成的报告文件的储存路径,生成的报告的文件名是根据输入来定的
-f --format 指定输入文件的格式
--extract 生成的报告默认会打包成1个压缩文件,使用这个参数是让程序不打包
-t --threads 选择程序运行的线程数,每个线程会占用250MB内存,越多越快咯
--min_length 设置序列的最小长度,≥最长read的长度
-c --contaminants 污染物选项,输入的是一个文件,格式是Name [Tab] Sequence,里面是可能的污染序列,如果有这个选项,FastQC会在计算时候评估污染的情况,并在统计的时候进行分析,一般用不到
-a --adapters 也是输入一个文件,文件的格式Name [Tab] Sequence,储存的是测序的adpater序列信息,如果不输入,目前版本的FastQC就按照通用引物来评估序列时候有adapter的残留
-q --quiet 安静运行模式,一般不选这个选项的时候,程序会实时报告运行的状况
示例
fastqc -f fastq -o /data/hushy/seqdata/RESP/study11/analysis/ /data/hushy/seqdata/RESP/study11/raw_reads/SRR6994637_1.fastq.gz /data/hushy/seqdata/RESP/study11/raw_reads/SRR6994637_2.fastq.gz
unzip /data/hushy/seqdata/RESP/study11/analysis/SRR6994637_1_fastqc.zip
# 将fastqc.html文件下载至本地,即可查看质控报告
fastQC批处理
#!/bin/bash
#program:
# Checking sequencing reads quality with FASTQC
#2019/7/24
for id in *fastq
do
echo $id
/data/hushy/tools/FastQC/fastqc -f fastq -o /data/hushy/seqdata/RESP/study11/analysis $id
Done
Java环境下运行fastqc_质控软件fastQC的安装及用法相关推荐
- Java环境下运行fastqc_在Ubuntu上安装FastQC
一. 什么是FastQC. FastQC是一款基于Java的软件,一般都是在linux环境下使用命令行运行,它可以快速多线程地对测序数据进行质量评估.因为是一个Java软件,下载后可以直接使用,但是需 ...
- linux如何运行java程序,Linux环境下运行简单java程序
一.安装java 1.下载jdk8 选择对应jdk版本下载.(Tips:可在Windows下载完成后,通过FTP或者SSH到发送到Linux上) 2. 登录Linux,切换到root用户 su roo ...
- Jupyter环境下运行R语言、Java
文章目录 Jupyter环境下运行R语言 Jupyter环境下运行Java 在mac系统验证运行有效. Jupyter环境下运行R语言 下载好R语言.安装好Anaconda 在R(不要用Rstudio ...
- Java微服务开发指南 -- Java环境下的微服务
Java环境下的微服务 本文涉及的内容,能让你学到什么? 本书适用于开发微服务的Java开发人员和架构师.我们在开始介绍微服务架构前,先讲述一些抽象的基本概念.不幸的是,使用新技术并不能神奇地解决分布 ...
- win10环境下 运行debug程序
百度网盘:链接:https://pan.baidu.com/s/1y6omgW6fI-gT3Dp-0hutOg 提取码:iw4l CSDN0积分下载:https://download.csdn. ...
- FD.io VPP环境下运行用户应用程序教程
FD.io VPP环境下运行用户应用程序教程 RToax 2020年9月 相关文章:<FD.io VPP利用iperf3进行UDP灌包测试-英特尔X520万兆网卡> 1. VPP简介 VP ...
- java 安卓客户端开发_《安卓网络编程》之第一篇 java环境下模拟客户端、服务器端...
1.Socket简介 在网络上的两个程序通过一个双向的通信连接实现数据的交换,这个双向链路的一端称为一个Socket.Socket通常用来实现客户方和服务方的连接.Socket是TCP/IP协议的一个 ...
- Java环境下GDAL / OGR环境配置与入门
Java环境下GDAL / OGR环境配置与入门 0.概述 1.环境配置 1.1 开发环境下载 1.2 环境变量配置 1.3java工程配置 1.3.1新建Java工程 1.3.2添加GDAL的jar ...
- python 需要在什么环境下运行_进入Python 环境进行编程并运行程序的三种方式
越来越多人开始学习Python了,本篇介绍进入Python 环境进行编程并运行程序的三种方式,适合刚入门的小白参考.进入Python的前提是先下载安装Python软件,如下所示,建议下载最新版,安装过 ...
最新文章
- 近两年火热的微服务springboot不同配置文件详细讲解
- 如何构建 SaaS 网站的高转化?
- 重磅!!!微软发布.NET Core 2.2
- centos mysql 允许远程访问
- Maven Scope取值的含义
- 抖音2020研究报告_抖音音乐发布2020抖音音乐生态数据报告
- ajax 进度条 php,php – Jquery :: Ajax提供进度条?
- github初学者指南_GitHub初学者指南
- 计算机组成原理+左冬红,计算机组成原理与接口技术--基于MIPS架构(第2版高等学校电子信息类专业系列教材)...
- FPGA学习笔记---二进制码、独热码、格雷码分析对比
- Uploading File using Ajax and receiving binary data in Asp.net (C#)[转]
- TCP/IP模型各个层次的功能和协议
- 重装系统 2021年最新方法 win10纯净版本(官网方法)亲测有效
- 建立自己公众号题库系统
- 生则决定生,去则实不去
- 删除pdf文档中的批量水印
- 如何训练结构化思维能力?它是一种工作方法还是思维方式?
- 程序员再忙也应该看看《琅琊榜》
- 装detectron2报错:nvcc fatal : No input files specified; use option --help for more information
- 抓取得物数据出现验证码的解析思路
热门文章
- Quick Viewer 快速浏览器
- 小甲鱼零基础学python笔记 P20 python变量简单了解
- Spark项目实战:购物网站评价标签生成(非常详细的Spark算子操作)
- 华为freebuds pro和airpods pro降噪对比 华为freebuds pro和airpods pro参数对比
- 基于微信小程序的单词记忆系统(Java+SSM+MySQL)
- MySQL取离当前时间最近的记录
- java调用rapidminer_基于RapidMiner开发问题和解决
- 球球大作战显示短信服务器出错,球球大作战常见问题汇总及解决方法
- 将语雀文档迁移到飞书
- 安利:那些让你欲罢不能的宝贝网站