TarBase:有实验数据支持的miRNA靶基因数据库
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TarBase是一个有实验证据支持的miRNA靶基因数据库,目前最新版本为v8, 经历了长达10年左右的收集与整理,网址如下
http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=tarbasev8%2Findex
该数据库中包含了多个物种的miRNA靶基因信息,各个物种相关信息汇总如下
可以看到,主要还是人和小鼠的靶基因信息,占据了90%以上。
对于每个靶基因,都会给出相关的文献,组织类型,检验的方法等数据,数据库中各项信息的数据量汇总如下
通过如下所示的搜索框,可以检索该数据库
可以同时输出miRNA和gene, 也可以只输入其中一种进行检索。输入的miRNA名称需要符合mirBase
数据库中的miRNA名字的格式,对于gene, 支持gene symbol和ensembl gene ID两种格式。
检索结果可以分成以下三级
1. target info
第一级就是miRNA靶基因信息,每一行代表一个miRNA和靶基因的相互作用,示意如下
对于每个靶基因,会给出对应的支持该证据的方法,low
代表的是一些传统的实验手段,通量低,high
代表高通量测序的分析结果。
2. methods
每行的末尾有一个下拉的箭头,点开之后就是第二级的结果,示意如下
3. binding sites
第二级的下拉列表展开之后,可以看到具体的结合区域信息,示意如下
在页面左侧的也提供了筛选功能,示意如下
该数据库目前只提供了检索功能,如果要下载对应的内容,需要向开发团队进行申请。
TarBase中将实验证据分成了low
和high
两类,low
代表的是传统的实验手段,相对高通量测序的分析结果,该结果的可靠性更高一点,我们可以通过筛选low
方法支持的miRNA靶基因信息,从而得到一个高质量的miRNA靶基因数据集。
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