R语言是单线程的,如果数据量比较大的情况下最好用并行计算来处理数据,这样会获得运行速度倍数的提升。这里介绍一个基于Unix系统的并行程序包:multicore.

  我们用三种不同的方式来进行一个简单的数据处理:

  我们从 1000 genome project 数据库下载了VCF文件,现在需要手动提取出每个allele的 allele frequency(AF)值(vcftools 可以很好的解决这个问题,但是假设我的vcf文件没有genotype, 或者我要实现一些个性化功能,那么可能要手动解决)。我们仅仅提取VCF文件的前1,000,000行作测试。看一下文件前几行:

##fileformat=VCFv4.1
##INFO=<ID=LDAF,Number=1,Type=Float,Description="MLE Allele Frequency Accounting for LD">
##INFO=<ID=AVGPOST,Number=1,Type=Float,Description=

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