R语言使用 multicore 包进行并行计算
R语言是单线程的,如果数据量比较大的情况下最好用并行计算来处理数据,这样会获得运行速度倍数的提升。这里介绍一个基于Unix系统的并行程序包:multicore.
我们用三种不同的方式来进行一个简单的数据处理:
我们从 1000 genome project 数据库下载了VCF文件,现在需要手动提取出每个allele的 allele frequency(AF)值(vcftools 可以很好的解决这个问题,但是假设我的vcf文件没有genotype, 或者我要实现一些个性化功能,那么可能要手动解决)。我们仅仅提取VCF文件的前1,000,000行作测试。看一下文件前几行:
##fileformat=VCFv4.1 ##INFO=<ID=LDAF,Number=1,Type=Float,Description="MLE Allele Frequency Accounting for LD"> ##INFO=<ID=AVGPOST,Number=1,Type=Float,Description=
R语言使用 multicore 包进行并行计算相关推荐
- 三线表是什么?R语言使用table1包绘制(生成)三线表、构建不分层的三线表
三线表是什么?R语言使用table1包绘制(生成)三线表.构建不分层的三线表 目录
- R语言使用psych包进行探索性因子分析EFA、使用cov2cor函数将原始数据的协方差矩阵将其转换为相关性矩阵( covariance matrix into correlation matrix)
R语言使用psych包进行探索性因子分析EFA.使用cov2cor函数将原始数据的协方差矩阵将其转换为相关性矩阵( covariance matrix transform into correlati ...
- R语言使用table1包绘制(生成)三线表、使用单变量分列构建三线表、编写自定义函数在三线表中添加p值
R语言使用table1包绘制(生成)三线表.使用单变量分列构建三线表.编写自定义函数在三线表中添加p值 目录
- R语言使用caret包构建遗传算法树模型(Tree Models from Genetic Algorithms )构建回归模型、通过method参数指定算法名称
R语言使用caret包构建遗传算法树模型(Tree Models from Genetic Algorithms )构建回归模型.通过method参数指定算法名称.通过trainControl函数控 ...
- R语言使用DALEX包的model_profile函数对caret包生成的多个算法模型的离散变量进行分析、使用偏依赖图(Partial Dependence Plots)解释某个离散特征和目标y的关系
R语言使用DALEX包的model_profile函数对caret包生成的多个算法模型的离散变量进行分析.使用偏依赖图(Partial Dependence Plots)解释某个离散特征和目标值y的关 ...
- R语言使用timeROC包计算存在竞争情况下的生存资料多个标记物在相同时间下的cox及协变量分析AUC值、并可视化多个标记物在相同时间下的ROC值、多指标的ROC曲线(Time-dependent R
R语言使用timeROC包计算存在竞争情况下的生存资料多个标记物在相同时间下的cox及协变量分析AUC值.并可视化多个标记物在相同时间下的ROC值.多指标的ROC曲线(Time-dependent R ...
- R语言使用psych包的fa函数对指定数据集进行因子分析(输入数据为相关性矩阵)、使用rotate参数指定进行斜交旋转提取因子、使用fa.diagram函数可视化斜交旋转因子分析、并解读可视化图形
R语言使用psych包的fa函数对指定数据集进行因子分析(输入数据为相关性矩阵).使用rotate参数指定进行斜交旋转提取因子.使用fa.diagram函数可视化斜交旋转因子分析.并解读可视化图形 目 ...
- R语言使用caret包的preProcess函数进行数据预处理:对所有的数据列进行SpatialSign变换(将数据投影到单位圆之内)、设置method参数为spatialSign
R语言使用caret包的preProcess函数进行数据预处理:对所有的数据列进行SpatialSign变换(将数据投影到单位圆之内).设置method参数为spatialSign 目录
- R语言使用DALEX包的model_performance函数对caret包生成的多个算法模型进行残差分布分析并使用箱图进行残差分布的可视化
R语言使用DALEX包的model_performance函数对caret包生成的多个算法模型进行残差分布分析并使用箱图进行残差分布的可视化 目录
最新文章
- 2022-2028年中国边缘计算行业投资分析及前景预测报告(全卷)
- mybatis可以用oracle,使用MyBatis调用oracle函数(基于注释)
- iOS架构-静态库.framework之依赖第三方库(7)
- 神策数据联合Ping++,推出电商、O2O 行业的 GMV 增长研讨
- java 中通过 Lettuce 来操作 Redis
- caja 原理 : 前端
- checked jq 添加_jquery动态添加复选框.attr(“checked”,true)不起作用
- IE与FireFox的不同点(不断更新中..)
- php代码,IP地址归属地批量查询功能
- 免费申请微软云教育服务器,自助免费申请Office365教育版,免费5TOneDrive云盘详细教程...
- View的复用:viewHolder
- 交换字符使得字符串相同
- 127.0.0.1 zxt.php_shmilyzxt/
- python 重定向 ctf_CTF web题型解题技巧 第四课 web总结
- MySQL异常 check the manual that corresponds
- MATLAB figure最大化
- jquery获取url最后一个斜杠前、后的内容
- 迅为深度解析-产品电磁兼容设计技术(二)
- TiDB 6.0 实战分享丨内存悲观锁原理浅析与实践
- 机器人(自动化)等专业课程创新的结果