upset图形如何理解
upsetR是除了韦恩图之外另一种集合可视化的方法。一般集合不超过5个的时候,可视化效果还是不错的,但是集合超过五个时,你就很难从图中解读出想要的信息了。
这是我们可以使用upsetR包来进行处理。
upset图要结合柱子和点一起来看。
首先我们导入的数据为list <- list(Heart=rownames(subset(d1, group=='Network')), Muscle=rownames(subset(d2, group=='Network')), Lung=rownames(subset(d3, group=='Network'))) 里面是不同器官的基因,而这三个器官的基因之中会有交集。
第一个柱子,点在heart那行,表明该柱子表示只属于heart的基因数量。
所以是1107
第二个柱子,点在muscle那行,表明该柱子表示只属于muscle的基因数量。
所以是483
第三个柱子,点在muscle和heart两行,表明该柱子表示muscle和heart交集中的基因数量(但不包括muscle,heart,lung三个交集中的基因)。
所以是399
第六个柱子,点在muscle和heart,lung三行,表明该柱子表示muscle和heart,lung交集中的基因数量。
所以是中间的交集105个
即:点在哪些集合的那行,上面的柱子就表示两几个集合的交集。(只有那几个交集的部分)
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