（二）外显子组数据分析之原始数据sra数据下载

写在前面：

由于是拿数据练手，因此并没有外显子测序原始数据，因此通过阅读文献，下载文献中使用的数据。

1. 查找外显子测序数据：
通过阅读文献，找到外显子测序数据，但是有些数据不是开源的，无法获取，因此，可能需要多找几篇文献，找到可以下载的数据源。
1.1. 找到外显子测序数据源文献：Reliability of Whole-Exome Sequencing for Assessing Intratumor Genetic Heterogeneity （研究乳腺癌）
1.2. 根据文章内容查找原文数据存放在哪里？The accession number for the raw data from WES and AmpliSeq sequences reported in this paper is SRA: SRP070662.
于是打开NCBI，输入编号，如下图所示：

不同样本的数据存放在不同的条目下面。点开第一条，显示如下：

这里面清晰的记录了数据的样本信息，来源，研究等信息。
2. SRA数据下载
点击

获取到txt文件，将txt文件上传或者复制到服务器目录文件里。这里的文件名为 list.txt

vi list.txt
##直接将刚刚下载的txt文件内容复制过来
prefetch --option-file list.txt

下载到的文件存放在/root/ncbi/public/sra/下面

find / -name SRR3182536.sra

/root/ncbi/public/sra/SRR3182536.sra

3. 将sra数据转为fastq格式数据

fastq-dump --gzip --split-3 SRR3182536

数据已经准备好了，开始下一步工作，正式进行数据分析~~

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