linux fastQC 操作命令,linux-ubuntu下fastQC的安裝及使用

1.fastqc是在Java環境下運行的；所以在安裝fastqc之前，Linux下要有相應的Java運行環境(JRE).且java的版本應該在1.8.0版以上

2.java的安裝：下載最新版本的Java，注意要下載帶有JRE的版本。

3.解壓：tar -zxvf java.tar.gz

4.cd java-1.8.0

5.進入java-1.8.0的目錄，可以看到里面有一個叫jre的文件夾，jre里面有bin和lib子文件夾，將此二者的路徑添加到.bashrc環境變量文件當中。就可以在任何路徑下運行jre環境啦。

6.在下列網站上下載對應的fastqc壓縮包：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/download.html#fastqc

7.解壓縮：unzip fastqc.zip

8.解壓縮后生成了一個名為：fastqc的文件

9.cd FastQC 進入fastqc文件，可以看到里面有一個fastqc執行文件，

10.chmod 755 fastqc(將fastqc設置為可執行程序)

11. ./fastqc即可運行fastqc程序。如想要在任何目錄下運行fastqc程序，則需將fastqc程序的路徑添加至環境變量.bashrc中即可。

12.fastqc infile

13.詳細參數：fastqc -h

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