Pacbio 数据相关的几个重要概念

pacbio
基本概念

Polymerase Read， Subreads，Circular Consensus Sequence 的概念和相互关系

Pacbio 的测序原理与二代的边合成边测序原理有很大的不同。其在建库上就有很大的差别。二代的测序文库是线性的，而三代的测序文库是环装的。

环装的文库，有很多的好处：

1. 环装结构，使得测序能一直测序下去，充分利用了三代测序的长读长特点

2. 一条序列，能被多次测到，提高了序列的重现性

3. 多次测到的序列能相互的校正序列，提高准确率

如上图所示，一个文库是有两个哑铃状的测序接头和中间的待测序列构成。

1. Polymerase Read: 是一个测序聚合酶，在一个环装文库分子上，一直读取的序列，一般会很长，可能对环装分子读取了多遍

2. Subreads: Polymerase Read 的序列中，去掉哑铃状的测序接头序列，即可以得到多条subreads 序列。

3. CCS(Circular Consensus Sequence): 环装一致性序列，是一个Polymerase read 上的多条subreads 序列，相互校正得到的一条反映真实文库的序列

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