纽约伊坎医学院房刚组诚聘博士后: 表观基因组, 宏基因组, 精准医疗

实验室介绍

美国西奈山伊坎医学院(Icahn School of Medicine at Mount Sinai, US News Top-20) 位于纽约曼哈顿。我们实验室 (计算和实验结合) 对表观遗传学、肠道菌群、第三代长度长测序技术（PacBio和Nanopore）有着独特的经验(>11年)。在2012年，我们开启了细菌表观遗传组学 (Nature Biotechnology, 2012), 专注于研究DNA甲基化对细菌功能和致病性的调节(Nature Reviews Genetics, 2018; Nature Microbiology, 2019; Trends in Microbiology, 2020)。在2017年，我们利用DNA甲基化信息对肠道菌群进行高清晰度更完整的分析 (Nature Biotechnology, 2017)，从而开始在物种(species)以及菌株(strain)层面对肠道菌群在疾病中的重要作用进行精准挖掘。最近，我们进一步利用牛津纳米孔测序进行细菌甲基化分析和高清晰度的菌群分析（Nature Methods, 2021）。在深度研究细菌和菌群的同时，我们还利用第三代长度长测序技术和系统生物学挖掘人类的基因组和疾病的联系，研究微生物和宿主之间的相互作用（Cell Reports, 2016; Genome Research, 2018; Nature Communications, 2019; Nature Genetics, 2019）。实验室网站: http://fanglab.bio

职位介绍:

实验室目前诚聘多名博士后：表观基因组和宏基因组的交叉结合。利用高通量测序、微生物学、遗传学、系统生物学的角度对人类疾病以及精准医疗开展研究研发。

方向一: 细菌表观遗传学，细菌表观组学，致病菌自身基因调节、以及和宿主交互作用。

方向二: 高清晰度肠道菌群分析在疾病机理以及疾病治疗中的技术开发和功能性研究。

方向三: 三代长度长测序对人类基因组、表观组和转录组在人类疾病和精准医疗中的应用。

成功的应聘者 会有以下机会：

i) 实验室文化：高度多学科交叉，实验与计算紧密结合，在一个开放的有很多机遇的新研究方向中发现和创新

ii) 学习掌握第三代长度长测序技术，并深入学习我们的长期积累,

iii) 丰富的临床样本和经验丰富的合作者,

iv) 技术开发，疾病研究和精准医疗并重，

v) 非常具有竞争力的工资待遇，以及位于曼哈顿学校所属公寓待遇。

招聘者期待:

实验背景和计算背景的申请者都欢迎申请！

1a) 计算背景的申请者有坚实的计算生物学，细菌基因组学，宏基因组、或其它组学(DNA, RNA, ChIP sequencing)分析研究的背景。

1b) 实验背景的申请者有丰富的遗传学, 微生物学，分子生物学，或微生物组学研究实验背景。

1c) 计算和实验背景都具备的申请者鼓励申请，但是两者具备其一并乐于学习即可。

2) 学习并深度掌握新知识新技术的能力,

3) 独立能力与合作精神并重。

如何申请

请将下面的材料发送至fanggang@gmail.com: 1) 一个简短的自我背景和兴趣介绍/申请信, 2) 一份简历, 3) 第一或共同第一作者论文的PDF文件.

代表论文

1.Tourancheau A, Mead E, Zhang X-S, Fang G#, Discovering multiple types of DNA methylation from individual bacteria and microbiome using nanopore sequencing, Nature Methods, 10.1038/s41592-021-01109-3, (2021)

2.Oliveira PH, Kim A, Sekulovic O, Garrett EM, Trzilova D, Mead EA, Pak T, Zhu S, Deikus S, ..., Patel G, Wallach F, Hamula C, Huprikar S, Roberts RJ, Schadt EE, Sebra R, van Bakel H, Kasarskis A, Tamayo R, Shen A#, Fang G#, Epigenomic characterization of Clostridioides difficile finds a conserved DNA methyltransferase that mediates sporulation and pathogenesis, Nature Microbiology, 5, pages 166–180, (2020)

3.Beaulaurier J, Schadt EE & Fang G#, Deciphering bacterial epigenomes using modern sequencing technologies, Nature Reviews Genetics, 20, pages157–172 (2019)

4.Flaherty E*, Zhu S*, Barretto N, Cheng E, Deans MP, Fernando M, …, Fitzgerald M, Ladran I, Gochman P, Rapoport J, Tsankova N, Mccullumsmith R, Hoffman GE, Sebra R, Fang G#, Brennand KJ#, Neuronal impact of patient-specific aberrant NRXN1 splicing, Nature Genetics, 51, pages 1679–1690, (2019)

5.Beaulaurier J, Zhu S, Deikus G, Mogno I, Zhang XS, Davis-Richardson A, Canepa R, Triplett EW, Faith JJ, Sebra R, Schadt EE & Fang G#,  Metagenomic binning and association of plasmids with bacterial host genomes using DNA methylation, Nature Biotechnology, 10.1038/nbt.4037, (2018)

6.Oliveira PH#, Fang G#, Conserved DNA methyltransferases: a windown into epigenetic regulation in Bacteria, Trends in Microbiology, Volume 29, Issue 1, Pages 28-40 (2020)

7.Zhu S, Beaulaurier J, Deikus G, Wu T, Strahl M, Hao Z, Luo G, Gregory JA, Chess A, He C, Xiao A, Sebra R, Schadt EE, Fang G#, Mapping and characterizing N6-methyladenine in eukaryotic genomes using single molecule real-time sequencing, Genome Research, doi: 10.1101/gr.231068.117, (2018）

8.Beaulaurier J, Zhang XS, Zhu S, Sebra R, Rosenbluh C, Deikus G, Shen N, Munera D, Waldor MK, Blaser MJ, Chess A, Schadt EE# & Fang G#, Single molecule-level detection and long read-based phasing of epigenetic variations in bacterial methylomes, Nature Communications, 10.1038/ncomms8438, (2015)

9.Fang, G#*, Wang W*, Paunic V, Heydari H, Costanzo M, Liu X, Liu X, VanderSluis B, Oately B, Steinbach M, van Ness B, Schadt EE, Pankratz N, Boone C, Kumar V#, Myers C#, Discovering genetic interactions bridging pathways in genome-wide association studies, Nature Communications

10.Fang G*, Munera D*, Friedman DI, Mandlik A, Chao MC, Banerjee O, Feng Z, Losic B, Mahajan MC, Jabado OJ, Deikus G, et al. , Genome-wide map of methylated adenine residues using single-molecule real-time sequencing in pathogenic Escherichia coli, Nature Biotechnology, 10.1038/nbt.2432, (2012)

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