Cytoscape: MCODE增强包的网络模块化分析
之前的教程提供了Cytoscape基础和视频、R igraph包的网络构建方法,那么在我们得到network图之后,还可以进行深一步分析,今天给大家带来基于Cytoscape软件下MCODE增强包的模块化分析。
首先我们需要下载Cytoscape的增强包MCODE,在Cytoscape官网 或者软件的APP里都能找到。
下载好后,我们可以打开一个现有的network。安装好后我们可以在APP中可以看到MCODE增强包
这个network是我之前准备好的,外圈为细菌,内圈为真菌。然后直接用MCODE分析就好了。参数可以按照自己选择自行设置。大部分文章都是默认值。
在右边可以看到结果与得分
然后我们可以把他们输出出来加工成图,这是我加工后的成图,一共6个处理。
那么我们就得到了一个一个关联非常相近的小群体。
讲了这么多,可能有人会问,这个分析有什么用?
如果你分析的是单纯的微生物群组或者基因,这个分析主要能够帮我们发现在network中联系更紧密的群组或者基因。看一看每一个submodule中,菌种或者基因之间的相互作用。比较详细点的例子,大家可以仔细阅读Halary et al. (2010) Network analyses structure genetic diversity in independent genetic worlds. PNAS 107 127-132. doi.10.1073/pnas.0908978107
也有文章在分析中加入了环境指标,如Banerjee et al. 发表在EM上的一篇文章, 详细的揭示了环境指标是如何通过影响submodules来影响整个network的。
如果大家感兴趣可以阅读一下此文。Banerjee et al. 2016 Determinants of bacterial communities in Canadian agroforestry systems. Environmental Microbiology (2016) 18(6), 1805–1816. doi. 10.1111/1462-2920.12986.
猜你喜欢
10000+:菌群分析 宝宝与猫狗 梅毒狂想曲 提DNA发Nature Cell专刊 肠道指挥大脑
系列教程:微生物组入门 Biostar 微生物组 宏基因组
专业技能:学术图表 高分文章 生信宝典 不可或缺的人
一文读懂:宏基因组 寄生虫益处 进化树
必备技能:提问 搜索 Endnote
文献阅读 热心肠 SemanticScholar Geenmedical
扩增子分析:图表解读 分析流程 统计绘图
16S功能预测 PICRUSt FAPROTAX Bugbase Tax4Fun
在线工具:16S预测培养基 生信绘图
科研经验:云笔记 云协作 公众号
编程模板: Shell R Perl
生物科普: 肠道细菌 人体上的生命 生命大跃进 细胞暗战 人体奥秘
写在后面
为鼓励读者交流、快速解决科研困难,我们建立了“宏基因组”专业讨论群,目前己有国内外2400+ 一线科研人员加入。参与讨论,获得专业解答,欢迎分享此文至朋友圈,并扫码加主编好友带你入群,务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。技术问题寻求帮助,首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路,仍末解决群内讨论,问题不私聊,帮助同行。
学习16S扩增子、宏基因组科研思路和分析实战,关注“宏基因组”
点击阅读原文,跳转最新文章目录阅读
Cytoscape: MCODE增强包的网络模块化分析相关推荐
- MSBDN(Multi-Scale Boosted Dehazing Network with Dense Feature Fusion)具有密集特征融合的多尺度增强去雾网络阅读分析
一.概要 在本文中,作者团队提出了一种基于U-Net架构的具有密集特征融合的多尺度增强去雾网络. 该方法是基于boosting和误差反馈这两个原理设计的,表明它们适用于去雾问题. 1.通过在所提出模型 ...
- 基于Cytoscape的GIANT增强包分析网络图的Z、P-score
文章目录 基于Cytoscape的GIANT增强包分析网络图的*Zi*.*Pi*-score *Zi*.*Pi* score值简介 *Zi*.*Pi* score值的基本概念 *Zi*.*Pi* sc ...
- linux下网络包分析工具下载,Wireshark下载-网络封包分析工具 v3.2.6 官方版 - 下载吧...
Wireshark(前称Ethereal)是免费的网络协议检测程序,支持Unix,Windows.让您经由程序抓取运行的网站的相关资讯,包括每一封包流向及其内容.资讯可依操作系统语系看出,方便查看.监 ...
- 网络数据采集分析工具tcpdump定义抓包过滤器
Unix 下的一个 网络数据采集分析工具 -- Tcpdump,也就是我们常说的抓包工具. 与它功能类似的工具有 wireshark ,不同的是,wireshark 有图形化界面,而 tcpdump ...
- 网络协议分析(仅供参考,后面的wireshark抓包内容最好自己看书研究)
必须掌握ARP协议的格式.工作原理和过程.功能,arp命令主要参数等 Arp协议被称为地址解析协议,功能是在同一局域网中,进行mac寻址完成ip到mac的映射,因为局域网中,信息的交流要通过mac地址 ...
- Https/Tcp抓包工具Charles、fiddler,ping (网络诊断工具),Android平台HTTPS抓包解决方案及问题分析HttpCanary
市面上已经有一些弱网络模拟工具,比如微软的Network Emulator for Windows Toolkit(NEWT),Facebook的Augmented Traffic Control(A ...
- 计算机网络实验: 使用Wireshark抓包工具进行网络层和链路层网络协议分析(IP部分)
目录 实验名称: 实验介绍: 实验目的: 背景知识和准备: 实验过程: 一. IP协议分析 二. Ethernet & ARP 协议分析 实验名称: 网络层和链路层网络协议分析 实验介绍: 本 ...
- PYTHON黑帽编程1.5 使用WIRESHARK练习网络协议分析
Python黑帽编程1.5 使用Wireshark练习网络协议分析 1.5.0.1 本系列教程说明 本系列教程,采用的大纲母本为<Understanding Network Hacks At ...
- 开源 | 爱奇艺网络流量分析引擎QNSM及其应用
▌导读 一定业务规模的互联网公司的基础设施的网络边界通常都呈现一定程度的复杂多分区的情况,如何进行有效的安全防护和控制会成为安全体系建设的重点和难点.面对这一挑战,爱奇艺安全团队自研了网络流量分析引擎 ...
最新文章
- 实例变量的访问及数据封装
- 被解放的姜戈03 所谓伊人
- 计划策略-20-订货型生产
- 排序算法——插入排序
- linux部署项目文档,Linux上部署综合项目专业资料.doc
- 漫步数理统计七——随机变量(上)
- java parallel.for作用_“Parallel.For”for Java?
- Android Studio(12)----Git使用教程之本地仓库的基本操作
- 京东回应「被薅 7000 万、项目组全体开除」;微信朋友圈屏蔽支付宝集五福;MySQL 8.0.19 发布 | 极客头条...
- Tomcat服务器学习和使用(一)
- 信息处理技术员的作用
- SQL Server学习之路(一):建立数据库、建立表
- oracle 去空格函数未生效,发现ASCII值为49824的字符
- /usr/bin/ssh-copy-id: ERROR: ssh: Could not resolve hostname 192.168.0.114:root/.ssh/authorized_keys
- 台式计算机32位和64位的区别,电脑装系统选择32位还是64位? 32位和64位系统有什么区别...
- R语言:Windows字体数据库里没有这样的字体
- JZ2440开发板nand flash出现坏块的解决办法
- 顺丰丰桥电子面单打印接口,适用于第三方系统对接
- 秋雨漏更夜,琴音动心痕
- 周志明架构课--03.SOA时代:成功理论与失败实践