Coronascape – 为COVID-19研究特制的基因列表比较工具

Coronascape (http://coronascape.org，点击阅读原文直达) 是由Sanford Burnham Prebys Medical Discovery Institute, Novartis和UCSD合作共同开发的新冠病毒组学公共数据库。

Coronascape收录了20篇文章200多个SARS-CoV-2相关的基因或者蛋白数据集，涵盖了七种不同的组学技术，包括转录组（RNA-Seq和scRNASeq）、蛋白质组、磷酸化蛋白质组、泛素组和蛋白相互作用组。

使用Coronascape数据库可以全面深入的了解各种宿主细胞和组织中SARS-CoV-2感染后的基因表达变化，蛋白表达修饰以及相互作用关系。

通过非常友好的用户操作界面，用户可以提交自己的基因数据与公共数据进行比较，也可以直接对Coronascape中的数据进行二次分析。

选好的数据集可以直接便利的提交到系统生物学网站Metascape进行信号通路，Gene Ontology，网络分析等深入的数据分析（这个只需一步就可做富集分析的网站还未发表就被CNS等引用超过350次）。

Coronascape有两个特色：

第一，coronascape包含大量预处理过的组学数据。组学的高通量数据通常重复少，噪音大。如果能借助从其他类似实验中得到的已发表（或将要发表）的基因列表，通过比照，从统计上可以提高single-noise ratio，更可能找到真实相关的pathway。因此科研人员需要把自己手头的一个基因列表“放大“成多个列表。科研人员在海量的covid文献中要找到适合用来和自己的基因列表进行比照的基因列表是很困难的。你要对那么多文献进行阅读筛选，还要对数据进行各种预处理才能转化成可计算的基因列表，这对大部分科研人员都太难太花时间了。Coronascape把这一步替大家做了，搜集整理了三百多条列表。用户不用读文献，通过列表的similarity search功能就可以找到可用的发表了的基因列表对照组。

第二，接下去读者要对找到的多组列表进行综合分析，找出可能的pathways和protein complexes进而可视化展示。这是metascape 的强项。Coronascape背后和metascape无缝衔接。通过这两点，coronascape让用户从自己的一个列表出发，放大得到多个相关列表，然后一键meta-analysis得到漂亮的报表。Coronascape主要特色是对COVID基因列表的分析从始至终一气呵成。

下面通过一些实例介绍一下Coronascape的用法。

示例一：通过用户的基因列表从Coronascape查找相似的基因列表

将您的基因列表粘贴到User’s Gene List中。
在Recommendation中，单击Similarity Search。
与用户的基因列表相比，您将能够看到按相似性排名的基因列表。

您可以单击Download Similarity以获得详细的基因列表。
您可以单击Use Selected或Append Selected以将选定的基因列表添加到“要比较的参照列表”中。
添加基因列表后，单击Metascape Analysis以对用户的基因列表和从Coronascape中选择的基因列表进行系统分析。

示例二：将用户的基因列表与特定公共研究的基因列表进行比较

将您的基因列表粘贴到User’s Gene List中。
在Browse All中，查找您感兴趣的研究。

单击您要添加到参考列表的基因列表。
单击Use Selected将基因列表添加到参考列表，或单击Append Selected以添加到现有基因列表。
此步骤可以跳过。

如果要保存选定的基因列表以备将来使用，请单击Download Reference List。

该列表可以直接提交给Metascape进行分析。
单击Metascape Analysis执行系统分析。

示例三：将用户的基因列表与A549细胞系的相互作用组数据进行比较

将您的基因列表粘贴到User’s Gene List中。
在Search的Technology中，选择Interactome，在Source中，选择A549。
单击Search以找到匹配的基因列表。
单击Use Selected将基因列表添加到参考列表，或单击Append Selected添加到现有的基因列表。
单击Metascape Analysis执行系统分析。

示例四：对Coronascape中的基因列表执行Metascape重新分析

将您的基因列表粘贴到User’s Gene List中
使用Recommendation，Search，GO Heatmap或Browse All功能将选定的基因列表添加到Reference Lists to Compare中。
单击带有或不带有用户基因列表的Metascape进行系统分析。

最终结果报告如下

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