sangerbox平台使用（二）差异分析

目前，网上有很多都是在写如何使用R语言做差异分析，当然也有一堆人在安装R包的过程中出现问题，甚至也有人在说R语言在做差异分析的过程中，究竟什么样的数据用什么包来做呢？怎么做呢？有什么可以让我鼠标点点的方式直接使用的吗？这里给大家推荐一个小工具，sangerbox
该平台提供了两个小工具分别适用于目前做芯片数据和高通量测序数据进行差异分析。
首先，我们需要了解一下这两个工具分别适用于哪些数据呢？
1、limma差异分析，http://sangerbox.com/AllTools?tool_id=9698737
该工具适用于芯片数据进行差异分析，芯片数据基本服从正态分布，换言之，正态分布的数据适用于使用limma进行差异分析。
2、转录组Count数据差异分析工具，http://sangerbox.com/AllTools?tool_id=9699507
该工具适用于高通量测序数据，高通量测序数据基本服从泊松分布，使用edgeR包或者DEseq2包会对数据进行一个转换。
然后，介绍一下如何使用这两个工具进行差异分析
1、limma快速差异分析工具
工具使用界面非常友好，右边有一个工具说明，写的非常详细，在这里就简单介绍一下了。只需要准备一个表达谱数据和分组信息，分组信息的准备需要注意，在做差异分析的时候，默认是用排在前面的组比上排在后面的组，什么意思呢？
比如说MP在MM之前，在做差异分析的时候，只会对MP/MM的差异，输出的数据，是否选择FDR，是指最后筛选差异基因的时候是选择p<0.05，还是选择FDR<0.05，数据会保存在数据中心下相应的目录
2、转录组Count数据差异分析工具
使用规则和limma的使用是一样，这里我就不过多介绍了。
该工具分析的结果，不仅仅会提供表格，还会自动绘制火山图和热图，当然这些绘制的时候都是默认的。
说真的这种在线工具确实是好用，写代码有时候还真的挺麻烦的。真心推荐一下，有需要的小伙伴可以试试。

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