GNU+Openmpi 并行编译CPMD3.15.3 (gcc/gfortran 4.4 + openmpi + atlas/fftw3)
转载自：http://hi.baidu.com/xijunw/item/1db8690fb3dfb7dd72e67686
【摘要】首先把Ubuntu12.04默认的gcc4.6降到gcc4.4; 安装atlas/fftw数学库; 安装openmpi; 用“LINUX-x86_64-FEDORA-MPI” 配置Makefile文件，然后编译即可;可以用dev-test-suite来测试可靠度和效率。
一般来说intel 编译器生成的可执行文件效率要高，为什么不用intel ifort编译呢？一是因为在Ubuntu下安装intel compiler+openmpi比较费劲，容易出错；另外一个原因是官方CPMD maillist已经明确说了，测试表明cpmd的执行效率与编译器关系不大，与数学库的关系最大。而atlas库是最佳选择之一。
来源：http://www.cpmd.org:81/pipermail/cpmd-list/2012-January/005343.html
1. 把Ubuntu12.04默认的gcc4.6降到gcc4.4。为什么要降版本？请看下面的mailist帖子：
ref: http://www.cnblogs.com/tnxk/archive/2012/07/07/2580731.html
大意是gcc4.6的语法check太严格，造成编译不通过。而gcc4.4则没问题。
sudo apt-get install build-essential gfortran
//install gcc/gfortran, but v4.6 is the default as installed.
// then install v4.4
sudo apt-get install gcc-4.4 g++-4.4 g++-4.4-multilib gcc-4.4-multilib gfortran-4.4 gfortran-4.4-multilib
and set v4.4 as default (改优先级)
sudo update-alternatives --install /usr/bin/g++ g++ /usr/bin/g++-4.4 100
sudo update-alternatives --install /usr/bin/g++ g++ /usr/bin/g++-4.6 50
sudo update-alternatives --install /usr/bin/gcc gcc /usr/bin/gcc-4.4 100
sudo update-alternatives --install /usr/bin/gcc gcc /usr/bin/gcc-4.6 50
sudo update-alternatives --install /usr/bin/cpp cpp-bin /usr/bin/cpp-4.4 100
sudo update-alternatives --install /usr/bin/cpp cpp-bin /usr/bin/cpp-4.6 50
sudo update-alternatives --install /usr/bin/gfortran gfortran /usr/bin/gfortran-4.4 100
sudo update-alternatives --install /usr/bin/gfortran gfortran /usr/bin/gfortran-4.6 50
如果gcc -v 和gfortran -v显示4.4.x即可。
2. 安装atlas/fftw数学库
sudo apt-get install libatlas-base-dev libatlas3gf-base fftw2 fftw-dev
看看是不是安装在了/usr/lib/atlas-base/atlas下，ls一下看看。
$ ls/usr/lib/atlas-base/atlas
libblas.a libblas.so.3gf liblapack.a liblapack.so.3gf
libblas.so libblas.so.3gf.0 liblapack.so liblapack.so.3gf.0
如果是就好；如果不在这里，看看是否在 /usr/lib64/atlas下，或者其它地方。
记住这个库的位置，待会修改Makefile，你懂的。
3. 安装openmpi
sudo apt-get install openmpi-common openmpi-bin openmpi-default-dev openmpi-default-bin
4. 开始编译CPMD
首先到src目录下，然后：
./mkconfig.sh LINUX-x86_64-FEDORA-MPI > Makefile
然后修改Makefile，把atlas库的位置添加到其中的LFLAGS中。最后的文件配置部分如下：
DEST = .
BIN = .
FFLAGS = -c -O2 -fcray-pointer
LFLAGS = -L/usr/lib/atlas-base/atlas -llapack -lblas -lfftw
CFLAGS = -c -O2 -Wall
CPP = /lib/cpp -P -C -traditional
CPPFLAGS = -D__Linux -D__PGI -D__GNU -DFFT_FFTW -DPARALLEL -DMYRINET -DPOINTER8
NOOPT_FLAG =
CC = mpicc
FC = mpif77
LD = mpif77
AR = ar
其中CPPFLAGS中，-DPARALLEL说明要并行，-DPOINTER8表64位，-D__GNU表要用gcc/gfortran，-DFFT_FFTW表要用FFTW优化的快速傅立叶变换库。
然后开始make。多次不同机型测试表明上述过程work perfectly.
5. 测试
去官网下载 dev-test-suite.tar.gz
然后解压到任一目录，会生成
个Test_Suite文件夹，然后你在Test_Suite同级目录新建两个文件夹：
mkdir COMPILE
mkdir SOURCE
然后把编译好的cpmd.x复制到SOURCE文件夹里
然后cd Test_Suite
bash CPMD_Test_Suite.sh -WFO -mpicmd "mpirun -np 8"
做并行测试
WFO是Test_Suite下的一个文件夹
你还可以测试GO, BO, CP, VIB, PI
如果bash CPMD_Test_Suite.sh -ALL -mpicmd "mpirun -np 8"就是全部测试
测试会有3种情况： PASSED, FAILED， CRASHED
FAILED的话看看 Test_Suite/TS.OUT/Errors.log下，是怎么回事，它一般比较Compare the total energy, final electronic gradients and energy componentsfor a wavefunction optimization using ODIIS with vanderbilt PPS for BLYP functional。比如，总能量的偏差：
mean difference (stddev) : 1.1900e-06 ( 1.1900e-06)
mean relative difference (stddev): 1.5064e-07 ( 1.5064e-07)
因为 1au (Ryd) = 13.6 eV = 313.76 kcal/mol
而1e-6 au ～ 0.0003kcal/mol，所以这种偏差可以忽略不计，这种FAILED也不用太在意。
如果是CRASH的，说明编译的可执行文件不支持某种计算，比如QMMM计算，或者matadynamics，或者编译失败。
ChemiAndy@百度空间：一花一世界 2012 Montreal.
PS1: On Linuxmint 13, fftw3 is installed by default, but is unfortunately incompatible with CPMD. So, remove fftw3 and reinstall fftw2, i.e.,
$> sudo apt-get install fftw2 fftw-dev
PS2: 在使用gcc4.6（Ubuntu/Linuxmint 13以上版本），如果遇到与下述两文件相关的编译错误
> forcematch_kfit
> forcematch_qfit
请在FFLAGS后面加：-fno-whole-file
GNU+Openmpi 并行编译CPMD3.15.3 (gcc/gfortran 4.4 + openmpi + atlas/fftw3)相关推荐
- OPENMPI并行库安装
在安装OPENMPI并行库时,我们可能会遇到下面的问题; 这可能是因为C和C++的编译器没有安装好,在安装的过程中,会丢失依赖包.你可以尝试去测试编译器是否可用.有一些回答是将用命令,例如:gcc - ...
- 【MySQL】源码编译MySQL8.x+升级gcc+升级cmake（亲测完整版）
大家好,我是冰河~~ 今天给大家分享一篇通过源码编译安装MySQL8的文章,期间涉及到gcc和cmake等编译环境的升级.好了, 不多说了,开始今天的正题. 一.概述 最近,在CentOS 6.8服务 ...
- Qt 静态编译(5.15.2 MinGW 32-bit)
Qt 静态编译(5.15.2 MinGW 32-bit) 文章目录 Qt 静态编译(5.15.2 MinGW 32-bit) 摘要 1 编译前准备 1.1 编译环境准备 系统环境 Qt 版本 gcc ...
- Keil5.15使用GCC编译器链接.a库文件
我们知道,当使用第三方的代码时,人家有可能会扔个Lib文件给你.这时候,别人仅仅要提供header文件给你,则你就能够通过Lib文件及header的函数声明,对Lib中的函数进行调用.在Keil中假设 ...
- Kotlin1.6.20好用的新特性:多receiver扩展函数,绝不可空类型,并行编译kotlin减少编译时间
前言 最近kotlin1.6.20新版本出来了,并带来了几个很好用的特性,来尝尝鲜 正文 1.多receiver扩展函数 kt的扩展函数大家应该都懂,但什么是receiver呢?比如下面的代码,是给V ...
- Linux 命令之 make -- GNU的工程化编译工具
文章目录 一.命令介绍 二.常用选项 三.命令示例 (一)指定命令 make 的工作目录 一.命令介绍 make 命令是 GNU 的工程化编译工具,用于编译众多相互关联的源代码文件,还可以编辑内核或模 ...
- 并行编译和运行非结构化网格SWAN
并行编译和运行非结构化网格SWAN 为了使用非结构化网格版本的SWAN有效地执行高分辨率仿真,使用消息传递范例构建并行代码并在商用计算机集群上进行测试.在并行化SWAN的非结构化网格版本时,我们采用了 ...
- ubuntu18.04编译4.15内核过程
内核下载地址:Linux kernel 1.将下载好的内核源码压缩包置于ubuntu18.04虚拟机中(在windows上解压会导致部分文件损坏) 2.解压下载的压缩包,在/usr/src中 tar ...
- 怎样用gcc编译c语言,使用GCC编译C语言程序
使用Eclipse CDT开发C语言程序,虽然使用很方便,效率也很高,但是它向我们隐藏了很多细节.虽然大多数时候这并不影响我们的开发,但是当我们需要对程序的编译链接过程进行更加特殊的控制,以获得可以满 ...
最新文章
- unitoy机器人怎么联网_机器人操作说明
- 比特币这么火热，看看这篇比特币初学者指南
- java基础 第九章（设计模式 单例模式）
- Martix工作室考核题 —— 打印一个菱形
- spring mvc后端校验validator
- python bar图_python使用matplotlib绘图 — barChart | 学步园
- java filedialog 打开文件_java 用文件对话框打开文件
- web前端基础（13js语法基础）
- Leetcode每日一题：169.majority-element（多数元素）
- springmvc获取配置文件的值使用$这个符号
- ubuntu下成功配置LAMP 并安装PHPMyadmin
- Atitit. 委托的本质 c#.net java php的比较
- 【python】蔡勒公式计算日期
- python绘制国际象棋规则口诀_学好国际象棋必须知道的小口诀技巧
- Nerv-京东高性能前端框架
- Photoshop脚本 镜头光晕滤镜的使用
- IoU优化——在Anchor-Free中提升目标检测精度（附源码）
- informatica添加MySQL表,Informatica 简单使用
- obs媒体源没有声音_实现OBS视频连播，只需要安装这样一个小软件
- VMware下u盘识别不出来怎么办