r语言转录本结构及丰度_生信实操|一个生信素人的上道经验分享转录组测序（绘图篇）...

转录组测序技术(RNA-seq)作为目前二代测序领域最普遍的技术手段，自从转录组测序问世以来，已经开发了数百种分析工具。根据转录组分析内容可大致将其分析流程分为比对，转录本组装，差异表达分析和差异基因注释。目前，分析的每一步都有很多软件，其软件的性能和分析效率不尽相同。

上篇文章小编为各位小伙伴介绍了转录组分析的第五步——新转录本预测，新转录本预测主要是对参考基因组信息进行补充，下面小编来介绍转录组分析的第六步——各种图形的绘制吧~我们在进行转录组数据分析时，除了会得到各种结果文件外还需要将结果文件绘制成各种图形，以展示分析结果。本文主要介绍转录组分析中常见的几种图形的绘制。

1 密度图

密度图主要用于展示各个样本表达量水平的分布。输入文件为各个样本的各个基因的FPKM值。

输入文件格式如下：

密度图绘制代码如下：

密度图绘制如下：

2 柱状图

柱状图主要展示上调差异表达基因和下调差异表达基因数量的差异。输入文件为上下调基因的数量。

输入文件格式如下：

柱状图绘制代码如下：

柱状图绘制如下：

3聚类热图

聚类热图可用于可视化各个样本基因表达量的差异，表达模式相近的样本归为一类。输入文件为各个样本的各个基因的FPKM值。

输入文件格式如下：

聚类热图绘制代码如下：

聚类热图绘制如下：

4韦恩图

韦恩图可用于展示两组至多组共有和特有的基因，输入文件为各样本鉴定到的基因ID。

输入文件格式为：

韦恩图绘制代码如下：

韦恩图绘制如下：

5经验总结本文主要介绍了几种常见的转录组分析的图形绘制。绘制图形主要使用R进行绘制，R的下载和安装方法小伙伴可参考https://www.r-project.org/。建议安装R4.0版本以上。绘制图形时需要安装一些所需的R包，可使用install.packages(“R包名称”)进行安装。至此，转录本分析的第六步——绘图就介绍完了，希望对各位小伙伴有所帮助，我们下一期再见吧~注：此推文未经许可禁止转载！阅读推荐：

生信实操|一个生信素人的上道经验分享-转录组测序(新转录本鉴定篇)
一个生信素人的上道经验分享-转录组测序(差异分析篇)
一个生信素人的上道经验分享-转录组测序(基因定量篇)
一个生信菜鸟的上道经验分享-转录组测序(转录本组装篇)
一个生信菜鸟的上道经验分享-转录组测序(比对篇)

r语言转录本结构及丰度_生信实操|一个生信素人的上道经验分享转录组测序（绘图篇）...相关推荐

r语言转录本结构及丰度_桑基图的绘制核心微生物组分类学及丰度展示
为什么要用桑基图桑基图 (Sankey diagram)是一种展现数据之间流动和相互关系的图像,类似于一种网络图,通过不同层级节点之间的连接以及连接边的宽度,展示数据之间的流动关系. 在微生物群落分 ...
r语言转录本结构及丰度_肠道菌群：宏转录组测序分析流程解读
上回给大家讲述了16S测序分析和宏基因组测序分析,本期的宏转录组来啦~ 你知道吗?通过16S测序分析和宏基因组测序分析,我们只能够知道肠道菌群做好事或坏事的潜力,而并不知道它们此时此刻正在我们 ...
r语言转录本结构及丰度_【R语言】数据结构Ⅱ—列表,数据框,因子
四.列表列表(list),可以包含不同类型的对象,甚至可以包括其他列表.列表的灵活性使得它非常有用. 例如,用R 拟合一个线性回归模型,其返回结果就是一个列表,其中包含了线性回归的详细结果,如线性回 ...
使用R语言获得16S物种丰度
还是获得16S物种丰度得老问题,最近在一台新机器上安装qiime1,发现有报错,对于这种停止维护的软件,也是正常现象吧,于是想别的办法解决,恰巧最近读R几本R语言的入门书,发现prop.table() ...
R语言进行线性回归的拟合度
R语言进行线性回归的拟合度. 本文只是使用 R做回归计算,查看拟合度等,不讨论 R 函数的内部公式在R中线性回归分析的函数是lm(),基本语法是一元回归: lm(y ~ x,data) 多元回归: ...
R语言ggplot2条形图（bar plot）可视化：更改一个条形(bar)的颜色、突出一个条形(bar)的颜色
R语言ggplot2条形图(bar plot)可视化:更改一个条形(bar)的颜色.突出一个条形(bar)的颜色目录
R语言使用upper.tri函数、lower.tri函数、diag函数改变matrix矩阵上三角形、下三角形、对角线的数值
R语言使用upper.tri函数.lower.tri函数.diag函数改变matrix矩阵上三角形.下三角形.对角线的数值目录
R语言使用多个数据类型不同的向量数据创建一个dataframe数据对象、使用[]操作符和列名称访问dataframe指定数据列的数据(dataframe column data)
R语言使用多个数据类型不同的向量数据创建一个dataframe数据对象.使用[]操作符和列名称访问dataframe指定数据列的数据(dataframe column data) 目录 R语言使用多个 ...
R语言使用多个数据类型不同的向量数据创建一个dataframe数据对象、使用$操作符和列名称访问dataframe指定数据列的数据
R语言使用多个数据类型不同的向量数据创建一个dataframe数据对象.使用$操作符和列名称访问dataframe指定数据列的数据目录 R语言使用多个数据类型不同的向量数据创建一个dataframe ...

r语言转录本结构及丰度_生信实操|一个生信素人的上道经验分享转录组测序（绘图篇）...

r语言转录本结构及丰度_生信实操|一个生信素人的上道经验分享转录组测序（绘图篇）...相关推荐

最新文章

热门文章

r语言 转录本结构及丰度_生信实操|一个生信素人的上道经验分享转录组测序（绘图篇）...

r语言 转录本结构及丰度_生信实操|一个生信素人的上道经验分享转录组测序（绘图篇）...相关推荐

最新文章

热门文章

r语言转录本结构及丰度_生信实操|一个生信素人的上道经验分享转录组测序（绘图篇）...

r语言转录本结构及丰度_生信实操|一个生信素人的上道经验分享转录组测序（绘图篇）...相关推荐