raw data/PF data/Q30 data/clean data的不同
测序数据拿回来之后,会给一些数据。那么这些数据代表什么呢?
1. 原始数据(Raw data):一次测序产生的全部原始数据。理论上,它们应该是没有经过任何过滤的,无论好坏。
2. PF数据(PF data):在测序过程中,Illumina内置软件根据每个测序片段(read,通常每个片段长100个碱基)前25个碱基的质量决定该read是保留还是抛弃。如果没有达到质控标准,则该read的全部碱基都被抛弃;达到标准、保留下来的数据叫做PF data。 PF代表pass filtering。
3. Q30数据(Q30 data):Illumina内置软件根据统一设定的标准来评判碱基识别结果的可靠性,为每个碱基给予一个质量评分(QV)。PF data里质量评分>=30分的数据称为Q30 data。 Q30的意思是该碱基的可靠性为99.9%。Q30数据通常占PF数据的80%左右。视样本质量、操作水平、试剂质量、仪器状态的不同,这一比例有很大波动。
4. 干净数据(Clean data。数据还有不干净的?):某些实验室根据其自身的判断标准,在PF data的基础上,进一步删除质量不好的reads后得到的数据。常见的删除动作有:去接头、去N含量高的reads、去质量评分低的reads、去掉每个read的最后几个碱基,等等。
转载于:https://www.cnblogs.com/huangyinger/p/10232967.html
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