3蛋白wb_老司机手把手教你选WB内参
俗话说,一个生物学博士,要跑满1000面胶才能毕业。今天特邀实验室博三大师兄,和大家聊一聊WB内参那些小事。
选择好合适并且好跑的内参,WB实验也就成功了一半。
1. 什么是内参?
内参即内部参照,一般是指由管家基因编码表达的蛋白,它们在各组织和细胞中的表达相对恒定,在检测蛋白的表达水平变化时常用它来做参照物
2. 内参的作用是什么?
(1)校正蛋白样品定量以及上样过程中的误差,保证实验结果的准确性
(2)作为空白对照,检测WB过程中蛋白转膜是否完全以及发光显色体系是否正常
3. 如何选择内参?
(1)根据样本的种属来源选择,如哺乳动物或者植物等
(2)考虑目的蛋白的分子量大小,一般需要与目的蛋白的分子量相差5kd以上
(3)根据蛋白表达位置选择不同的内参,不同的细胞器中选择的内参也不同
(4)内参的选择需要考虑试验处理条件对于内参表达的影响:
- 由于GAPDH是糖酵解过程中的酶,所以关于糖代谢的研究(如糖尿病模型)不能选择GAPDH作为内参;而某些细胞中,缺氧也会影响GAPDH的表达,此时也不可以选择GAPDH作为内参
- 做细胞骨架相关的研究时不能选择β-actin作为内参
- 做细胞毒性实验时,TATA binding protein和Lamin B会发生变化,此时不可以选择其作为内参
最后,是一些个人实验过程中的感悟和想法。
我自己是在做肿瘤方面的课题,除了做糖代谢方面最好不选择GAPDH作为内参外,将肿瘤组织与正常组织相比时,最好也不要选择GAPDH作为内参,因为很多肿瘤组织中的GAPDH相对于正常组织是高表达的,并且有文献报道GAPDH可以作为肿瘤标志物。
一般情况下,做全细胞和细胞质的WB实验时,选择β-actin基本能满足大部分的需要。而考察细胞核样品时,由于Histone H3是染色体的组成型表达组分,表达相当稳定,并且特别好跑,可以算是细胞核内参的首选
另外,针对一些特定的内参,蛋白上样量超过一定的量时,出来的条带可能不会有显著的差别。以前看过一篇文献讲的应该是β-actin,当上样量超过20 μg时,条带灰度不会呈线性的增加。因此,在做WB校正时,调节合适的上样量也是影响实验成功较大的一个因素。
原文发表于 Island Academic Express
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