R中不同类型的基因名间的转换
举一个例子,已知基因ID,求其对应的ENSEMBL,步骤如下
library(org.Hs.eg.db)
library(clusterProfiler)
keytypes(org.Hs.eg.db) #查一下都有什么类型的基因名
b=c(1,46,58,100) #随便取的基因ID
gene.df <- bitr(b, fromType="ENTREZID", #输入类型toType="ENSEMBL", #输出类型OrgDb = "org.Hs.eg.db",drop =F)#物种注释包
结果大致如下
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