TCR-seq(T细胞受体测序)

补充一下抗原呈递的部分，因为T细胞是不能直接识别抗原的，需要抗原呈递细胞（APC）把抗原处理成抗原肽-MHC分子复合物并结合在APC表面，然后与T细胞膜表面的TCR结合完成抗原的识别。若这个T细胞是辅助T细胞的话，就激活B细胞以释放抗体。若是细胞毒性T细胞则直接杀死病原体。

MHC：这是一种能与肽段结合的蛋白复合物，通过呈递抗原肽向T细胞反馈

成熟的重链TCR基因由可变区（V）、多变区（D）、连接区（J）和恒定区（C）四部分基因片段组成（VDJC），轻链TCR则缺少D区（VJC）。重链和轻链TCR都具有3个互补决定区（complementarities determining region, CDR），在抗原识别中起主要作用：

CDR1和CDR2相对保守，负责识别MHC；
CDR3是负责识别抗原的主要CDR;

TCR基因是人类基因组中复杂度最高的基因，也是变异程度最高的基因。这个复杂度主要源自3个因素：组成的多样性：成熟TCR的VDJC/VJC结构，是通过复杂的重组生成的。基因组中有65~100种V基因片段、2种D基因片段和13种J基因片段，TCR重组时需要从上述三种片段中各选一个，这赋予了TCR高度的多样性；连接的机动性：在重排的过程中，在V-D及D-J的连接区经常有非模板的核苷酸的随机插入或删除，CDR3由V和J或D和J之间连接区编码，因此增加了CDR3区的多样性；体细胞突变：T细胞D区的突变频率约为正常的1000倍。

这种基因片段连接的不准确性使TCR的表达呈多样性, 以识别各种不同的抗原。正常个体在无抗原刺激时，TCR基因重排是随机的，因此正常人外周T细胞呈多家族、多克隆性特点。受到特定抗原刺激后，TCR V区基因可对该抗原产生特异性识别，并带有这类基因的T细胞得到优势扩增。CDR3是T细胞常见的克隆区域，除非T细胞来源于相同的形式扩增出来的，一般来说T细胞几乎不太可能表达相同的CDR3序列。T细胞受体测序(TCR-seq)，采用多重扩增的手段获取TCR的CDR区域，结合高通量测序技术，结合生物信息学分析手段，分析VDJ重排的方式等，通过准确、特异地定量化检测CDR3区T细胞多态性和克隆化程度，分析出T细胞的功能及免疫应答状态。

补充：测序目标—α、β链和CDR3区域？
因为αβ-T细胞组成了T细胞的绝大多数群体，并且目前针对外周血的研究最为广泛，所以α链和β链是TCR-seq最常见的研究目标。同时，因为CDR3是TCR上直接接触抗原肽的区域，因此该区域成为研究优先选择的目标区域。CDR1和CDR2因为不直接与抗原相互作用尚未引起科学界的关注，但CDR1和CDR2在与MHC分子的接触中起着重要的作用，同样也影响了TCR结合蛋白的敏感性和亲和力，目前市场上部分公司提供的TCR-seq也包含有CDR1和CDR2区域。

TCR-seq(T细胞受体测序)相关推荐

sc-RNA seq与Illumina测序
课程笔记 10X genomics 10X genomics技术:文献在10X官网中的publications.对单个细胞做RNA表达情况的定量分析.基于油包水乳浊液酶反应原理的分子生物学分析系统.可 ...
专家点评Nat Mach Intell | 刘琦团队开发基于元学习的AI模型进行抗原-TCR亲和力识别及肿瘤新生抗原免疫原性预测...
T细胞受体(T-cell receptor, TCR)是获得性免疫过程中的关键分子.TCR经过特定的基因重组和进化筛选,具备高度的多样性及特异性.MHC-多肽复合物与TCR亲和力的计算识别(pMHC- ...
肿瘤精准细胞免疫治疗：梦想照进现实
自2015年1月20日美国总统奥巴马高调宣布启动"精准医疗计划(Precision Medicine Initiative)"以来,全球范围内掀起一股精准医疗热.在国内,精准医疗也 ...
Nature重磅综述 |关于RNA-seq，你想知道的都在这
编译 |生信宝典,May 校对 |生信宝典 ▼生信学习的正确姿势(第三版) NGS系列文章包括NGS基础.转录组分析 (Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这).ChIP-seq分析 ...
（文献随笔）解析未经治疗的人类黑色素瘤脑转移的生态系统 (Cell, 2022年7月7日)
(文献随笔)解析未经治疗的人类黑色素瘤脑转移的生态系统 (Cell, 2022年7月7日) Dissecting the treatment-naive ecosystem of human mela ...
处理原始scRNA-Seq测序数据：从reads到计数矩阵
参考基因组及其注释大多数scRNA-seq实验是使用人类或小鼠组织.器官或细胞培养物进行的.尽管这些基因组的初稿是在20年前发表的,但组装和注释的更新是相当定期的.有两个流行的组装文件来源: UCS ...
MPB：深大李猛组-基于PacBio SMRT三代测序的红树林沉积物真菌群落的研究
为进一步提高<微生物组实验手册>稿件质量,本项目新增大众评审环节.文章在通过同行评审后,采用公众号推送方式分享全文,任何人均可在线提交修改意见.公众号格式显示略有问题,建议电脑端点击文末阅 ...
第四代测序（纳米孔测序）有望全面代替边合成边测序吗？
第四代测序(纳米孔测序)有望全面代替边合成边测序吗? 考量一种测序技术主要有以下几个参数:通量,读长,准确度,单位成本.而单位成本一般可以简单认为和通量成反比,所以简单点就直接考虑前三个因素就行了. ...
Third-generation sequencing and the future of genomics 第三代测序和基因组学的未来
摘要第三代远程DNA测序和映射技术正在创造高质量基因组测序的复兴.第二代测序只能产生几百对碱基对的短序列,而第三代单分子测序技术可以产生超过10000个碱基对的短序列,或者映射超过100000个碱基 ...

TCR-seq(T细胞受体测序)

TCR-seq(T细胞受体测序)相关推荐

最新文章

热门文章