apesv100数据库_生物信息学相关数据库资源介绍..ppt

生物信息学相关数据库资源介绍刘吉平 Reference：生物信息学相关数据库资源核酸及其相关数据库(序列数据库、基因组相关数据库、核酸三维结构数据库、其他) 蛋白质相关数据库(序列数据库、蛋白质三维结构数据库、蛋白质组数据库(二维凝胶电泳数据库)、信号传导及蛋白质-蛋白质相互作用相关数据库、DNA和蛋白质相互作用数据库) 基因或蛋白质一些特定数据库糖类及其相关数据库蛋白质翻译后修饰相关数据库基因表达数据库人类基因突变及疾病相关数据库进化相关数据库及资源专利数据库资源目录服务器或网页核酸及其相关数据库 1)、核酸序列数据库 BIOSINO 我国的核酸序列公共数据库 EMBL - EMBL Nucleotide sequence database (EBI) GenBank - GenBank Nucleotide Sequence database (NCBI) DDBJ - DNA Data Bank of Japan dbEST - Database of Expressed Sequence Tags? (表达序列标签)(NCBI) dbSTS - Database of Sequence Tagged Sites (序列标签位点) (NCBI) 2).基因组及相关数据库? Genomic Databases GenomeWeb(HGMP) - A catalogue of useful Web sites for Genomics with a set of collections of genome databases? GSDB - Genome Sequence database (NCGR) GOLD - Genomes On-line db 一些数据库的直接链接 3).核酸三维结构数据库 NDB - Nucleic Acid Databank (3D structures) BNASDB - Nucleic acid structure db from University of Pune 4).其他 AsDb - Aberrant Splicing db (异常拼接) ACUTS - Ancient conserved untranslated DNA sequences db Codon Usage Db? - The frequency of codon use in each organism is made searchable through this World Wide Web site. EPD - Eukaryotic Promoter db(真核启动子) HOVERGEN - Homologous Vertebrate Genes db (同源脊椎动物) IMGT - ImMunoGeneTics db [Mirror at EBI] (免疫遗传学) ISIS - Intron Sequence and Information System RDP - Ribosomal db Project gRNAs db - Guide RNA db PLACE - Plant cis-acting regulatory DNA elements db 5)其它核酸数据库 PlantCARE - Plant cis-acting regulatory DNA elements db sRNA db - Small RNA db ssu rRNA - Small ribosomal subunit db lsu rRNA - Large ribosomal subunit db 5S rRNA - 5S ribosomal RNA db tmRNA Website tmRDB - tmRNA dB tRNA - tRNA compilation(编辑) from the University of Bayreuth uRNADB - uRNA db 5)其他核酸数据库 RNA editing - RNA editing site RNAmod db - RNA modification db TelDB - Multimedia Telomere(端粒) Resource TRADAT - TRAnscription Databases and Analysis Tools Subviral RNA db - Small circular RNAs db (viroid and viroid-like) (类病毒) 5)Transgenics(转基因) Cre Transgenic Database - Cre

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