最新TCGA数据下载与整理
以TCGA-BRCA下载为例
最先关联一下这哥们的总结,感觉挺到位。http://www.bioinfo-scrounger.com/archives/317
本人尝试了用最原始的方法下载,速度稳定,下载也快,但需要整理的地方很多,首先是文件与样本id的匹配,再一个就是数据提取与标准化。最终整合到一个文件中。
如果用 简易TCGA下载工具V2 下载,会出现下载过程卡顿现象,但可以续点下载。
两种方法下载下来,都需要进行ENSG_ID转换。
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