Phonopy-Spectroscopy计算材料红外和Raman光谱
经验分享
Phonopy- spectroscopy是一个为Phonopy代码添加模拟振动光谱能力的项目。
它可以从Phonopy或VASP计算红外(IR)强度,和计算Raman活度张量和远离共振近似的标量平均强度。
参考该软件examples的计算流程,整理了这篇教程。
准备内容
软件安装
声子谱&三阶力常数计算
红外强度计算
Raman计算
Part.1
软件安装
软件安装包可从github下载
https://github.com/JMSkelton/Phonopy-Spectroscopy/
解压后,主要文件如下
首先要将执行命令所在的文件夹Scripts添加到环境变量中,或者根据所在目录直接调用文件夹内命令。
然后将文件夹SpectroscoPy添加到Python环境可调用的库中。因为我这里使用的是Anaconda,所以将该文件夹移动到site-packages文件夹中。
由于在我的使用环境中出现了一些报错
在phonopy.py中添加下图中阴影内容后即可正常使用
Part.2
声子谱&三阶力常数计算
声子谱的计算主要目的是获得二阶力常数文件FORCE_CONSTANTS,而为了计算光学性质,同时需要计算波恩电荷,写出BORN文件。需要在计算声子谱的INCAR中加入下面这条:
LEPSILON = .TRUE
按照软件案例,作者可能更喜欢hdf5格式的数据文件,生成force_constants.hdf5文件的命令如下
phonopy --fc vasprun.xml --hdf5
生成mash.yaml或mash.hdf5文件:
phonopy --dim="6 6 3" --readfc --hdf5 --fc-symmetry --mesh="1 1 1" --eigenvectors
使用phono3py软件进行三阶力常数文件的计算。具体计算流程可以参考VASP+phono3py:快速计算晶格热导率
生成&Gamma点模式的声子线宽:
phono3py --dim="2 2 2" --dim_fc2="6 6 3" --fc2 --fc3 -v --br --thm --mesh="48 48 48" --write_gamma --gp=0
Part.4
红外强度计算
这时需要使用之前准备好的BORN文件,生成室温(300 K)线宽的模拟红外光谱和峰值表,命令如下
phonopy-ir --ir_reps --linewidth_hdf5="kappa-m484848-g0.hdf5" --linewidth_temperature=300
Part.5
Raman计算
通过irreps.yaml的振动信息,并参考D3点组的字符表,判断可能显示Raman活动的模式,并生成计算文件。
phonopy-raman -d --bands="4 5 6 7 8 9 11 12 13 14 15 17 18 20 21 22 23 25 26 27"
bands的值为需要计算的模式。
计算的INCAR 参考软件的example,如下
ALGO = Normal
EDIFF = 1E-8
ENCUT = 700
ISIF = 2
ISMEAR = 0
LASPH = .TRUE.
LCHARG = .FALSE.
LEPSILON = .TRUE.
LREAL = .FALSE.
LWAVE = .FALSE.
NSW = 0
PREC = Accurate
SIGMA = 0.01
SYSTEM = SiO2
计算完成后处理OUTCAR文件
phonopy-raman -r OUTCAR.*
最后获得Raman计算结果
phonopy-raman -p --ir-reps --linewidth-hdf5="kappa-m484848-g0.hdf5" --linewidth-temperature=300
愿有所成
引喻失义 妄自菲薄
Phonopy-Spectroscopy计算材料红外和Raman光谱相关推荐
- 用VASP+VTST计算Raman光谱 (抛砖引玉)
鉴于目前没有找到很好的,很完整的教程由A到Z介绍如何用VASP计算Raman光谱.可能有干货的大神都留着自己用 摸索了一会儿找到了以下其中一个☝️方法,如果大神有补充或者纠正,欢迎留言 pre-req ...
- CP2K+Gaussian+LAMMPS+ReaxFF计算材料化学系列四大专题。
背景: CP2K是一款较为强大的AIMD计算程序,免费开源,可高效并行.由于CP2K在做DFT时可以速度非常快地计算成千上万个原子的体系,因此在大规模模拟体系中经常被一些学者用到.比如计算原子数达到一 ...
- 基于VASP+phonopy+shengbte计算声子相干的热学性质
声子相干的热学性质在计算材料领域有着非常重要的地位,我们可以通过第一性原理计算得到任一种晶体的热力学性质,但是很多小伙伴尤其是初学者还比较陌生,本文介绍基于DFT计算与声子相关的性质,是用VASP+p ...
- 计算材料学有哪些SCI期刊推荐? - 易智编译EaseEditing
以下是一些计算材料学领域的SCI期刊推荐: Computational Materials Science: 该期刊发表计算材料科学的理论.计算和实验研究,包括材料结构.热力学.物理和化学性质以及材料 ...
- 计算材料学转计算机,转贴 对计算材料学的认识
计算方法 计算材料学涉及材料的各个方面,如不同层次的结构.各种性能等等,因此,有很多相应的计算方法.在进行材料计算时,首先要根据所要计算的对象.条件.要求等因素选择适当的方法.要想做好选择,必须了解材 ...
- 使用VASP计算材料能带和态密度
前言 一.前期准备 二.计算流程 1.静态自洽(scf) 2.能带计算 3.态密度计算 总结 前言 能带结构是目前采用第一性原理计算所得到的常用信息,可用来结合解释金属.半导体和绝缘体的区别.能带用来 ...
- vasp+boltzTrap2计算材料的热电性能
提示:文章写完后,目录可以自动生成,如何生成可参考右边的帮助文档 文章目录 前言 一.准备工作 二.boltzTrap2使用步骤 官方文档: 1.导入BoltzTrap2包 2.计算能带(不是很准) ...
- 计算材料学中的四巨头之间的关系
第一性原理.密度泛函理论.从头算和分子动力学之间的关系 首先.第一性原理是First Principle,.不是从头算(ab initio),也不是DET,更不是分子动力学. 分子模拟有两个层面的东西 ...
- 用计算机算3次根号0.00005,使用ORCA在TDDFT下计算旋轨耦合矩阵元和绘制旋轨耦合校正的UV-Vis光谱...
使用ORCA在TDDFT下计算旋轨耦合矩阵元和绘制旋轨耦合校正的UV-Vis光谱 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Feb-10 Last update: 20 ...
最新文章
- InnoDB调优-索引优化策略
- Effective C++ 条款05
- java学习笔记(三)----成员权限,构造函数,this用法
- 利用Matlab求解线性规划问题
- ServletFileUpload API详解
- 他开发了redux,昨晚字节一面却挂了?
- html表单input file,最简单的方法美化表单中input type=file元素
- java多线程上传文件_Java大文件分片上传/多线程上传
- 推荐几款优秀的开源编程字体
- 常见路由adsl猫默认密码
- android 视频缓存溢出导致视频黑屏,MediaMuxer+MediaCodec生成MP4视频黑屏
- 2018年春季学期《软件工程》班级讨论群中开放性问题群聊记录
- 新元宇宙奇科幻小说每周连载《地球人奇游天球记》第十回月亮之宴
- python 模拟登陆百度
- 迅为STM32MP157开发板手册更新记录
- 1028 大数乘法 V2(NTT or FTT)
- 公司企业如何设计微信小程序?
- 越狱后,提取设备安装的iPA包 trollstore免越狱安装
- 使用react-cropper结合图片压缩方法对图片进行裁剪压缩处理
- 《给后端工程师的前端开发课程》笔记
热门文章
- 一个移动互联网自媒体的运营手记
- spring cloud在配置zuul访问后报错,微服务响应超时问题
- 利用mysql上传木马_通过Mysql语句生成后门木马的方法_MySQL
- HDU 2209 翻纸牌游戏(DFS)
- 安卓4.4.2通用ROOT权限教程(附ROOT包下载)
- P2P网络ISIS的PSNP报文的两种用途
- stm32-A4988驱动步进电机
- python画画用哪库好_Python我要学画画-turtle库
- 材料科学与工程跟计算机,材料科学与工程中的计算机应用
- laser_filters无效雷达数据屏蔽