如何批量预测lncRNA靶向的miRNA？

lncRNA能够将miRNA吸附过来，相当于竞争性结合，不让miRNA对mRNA发挥作用，因此形成了lncRNA-miRNA-mRNA的调控网络，简称ceRNA。

在做生信分析时，我们通过数据库筛选了一些调控自己靶基因mRNA的lncRNA，可以使用很多网站预测lncRNA结合的miRNA。

那么问题来了，大部分网站通常都是输入一个lncRNA，预测与其结合miRNA。如果我们筛选到了几十个甚至几百个lncRNA，如何批量预测lncRNA靶向的miRNA。

我向大家推荐一个网站：mircode。

直接点击download：

一般我们下载高度保守的miRNA数据，数据如下：

红框的三列是主要的，首先准备好自己的lncRNA文件：

读取文件，然后运行以下代码：

setwd("F:\\lncRNA")## 设置工作路径
dir()
data <- read.csv("lncRNA.csv",header = T,sep = ",")## 读取自己筛选的差异lncRNA
head(data)
miRNA <- read.table("mircode.txt",header = T,sep = "\t")## 读取mircode下载的文件
head(miRNA)
miRNA <- miRNA[miRNA$gene_symbol %in% data$LncRNA,] ## 从miRNA中提取我们筛选的差异lncRNA
dim(miRNA)
head(miRNA)
write.csv(miRNA,"lncRNA结合的miRNA.csv")

如何批量预测lncRNA靶向的miRNA？相关推荐

分享miRNA和lncRNA靶向预测网站——miRcode，lncRNABase，starbase，RegRNA2.0
lncRNA能够将miRNA吸附过来,相当于竞争性结合,不让miRNA对mRNA发挥作用,因此形成了lncRNA-miRNA-mRNA的调控网络,简称ceRNA. 在做生信分析时,我们通过数据库筛选了 ...
tensorrt yolov5 批量预测学习笔记
目录编译引擎: 完整调试博客: 多张图片预测: https://github.com/noahmr/yolov5-tensorrt https://github.com/noahmr/yolov5- ...
图片单张预测和批量预测
批量预测 import os import jsonimport torch from PIL import Image from torchvision import transformsfrom ...
dlib.get_frontal_face_detector()批量预测
问题:怎么使用dlib.get_frontal_face_detector()批量预测自己划分的验证数据集? 代码: #author:wu #导入需要的库 import cv2 import dlib ...
miRanda-通过circRNA的sequence来预测靶向的miRNA
1.下载及安装 wget http://cbio.mskcc.org/microrna_data/miRanda-aug2010.tar.gz #获取"miRanda-v3.3a" ...
MAGCN：基于lncRNA与miRNA相互作用和图卷积网络预测miRNA与疾病的关联（Briefings in Bioinformatics）
Predicting miRNA-disease associations based on lncRNA–miRNA interactions and graph convolution netwo ...
LncBase:lncRNA与miRNA相互作用数据库
欢迎关注"生信修炼手册"! 有非常多的文献报导指出,lncRNA可以作为miRNA sponge, 从而与miRNA发生相互作用.LncBase是一个专门记录lncRNA与miRN ...
Genome Biology | 建立预测疾病miRNA的benchmark
今天给大家介绍2019年10月,北京大学基础医学院周源团队.崔庆华团队和河北工业大学李建伟团队合作在Genome Biology上在线发表的题为Benchmark of computational m ...
miRNA数据分析专题
欢迎关注"生信修炼手册"! miRNA是一类长度在18到36bp的非编码RNA, 其功能属于转后后修饰调控,主要通过和mRNA的3'UTR区进行结合,结合区域称之为`seed`,当 ...
文献阅读-Pan-Cancer Analysis of lncRNA Regulation Supports Their Targeting of Cancer Genes in Each Tumor
Pan-Cancer Analysis of lncRNA Regulation Supports Their Targeting of Cancer Genes in Each Tumor Cont ...

如何批量预测lncRNA靶向的miRNA？

如何批量预测lncRNA靶向的miRNA？相关推荐

最新文章

热门文章