如何运行plink软件--三种方法
飞哥的文章目录
- 问题背景
- 软件配置
- 第一种方法:直接调用
- 第二种方法:放到环境变量中
- 第三种方法:使用git和bin模仿Linux系统
问题背景
有小伙伴问我:
飞哥,plink的命令在哪里输入?
同样的问题还有:
- 如何安装plink软件
- plink软件的图标是什么
- plink软件有没有快捷方式
- ……
你以为plink软件像word或者Excel一样?
或者你以为plink软件像Python或者R语言一样?
它只是一个软件,一个只能在命令行添加参数的软件,没有图形界面,没有快捷方式,不能用鼠标点击的软件。
现在我提供三种方法,来运行plink软件。
软件配置
首先是下载软件:https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/
下载到本地,解压即可。
比如windows系统,解压下如下:
第一种方法:直接调用
很多人都是先在windows键找到cmd,然后再进入相关文件夹,其实有个简单的方法:直接在文件夹路径中输入cmd回车:
上面黑黑的框,就是cmd的终端,在里面运行plink软件。
如果输入plink.exe,就会出现帮助文档:
将plink文件变为0-1-2的编码形式:、
>plink --file toy --recodeA --out a1
结果:
如果有自己的文件,可以按照这个方式,将plink.exe放到自己的文件夹中,然后按照这种方式执行命令即可。
第二种方法:放到环境变量中
这是经典的一种方法,还记得配置java环境吗,就是加入到环境变量中。如果了解到Linux系统,它就像bin文件夹一样。它的好处是可以在其它文件夹中直接调用,就像你可以在任何文件夹中新建excel一样。
首先,复制这个路径:
然后,打开我的电脑,右键–属性–高级系统设置
直接在上面的2中双击也是比较简单的:点击新建,然后粘贴进去plink.exe的路径即可。
测试:
随便进入一个路径,在目录下键入cmd,进入终端:
键入plink,就会出现帮助文档:
然后输入命令即可。
第三种方法:使用git和bin模仿Linux系统
第三种,也是最简单的一种,安装git软件,然后右键打开git的终端:
然后运行下面命令,将plink.exe放到bin文件夹下:
mkdir ~/bin/; cp plink.exe ~/bin/
键入plink,就可以看到帮助文档,说明已经搞定了。
测试一下:
plink --file toy --recodeA --out a1
结果:
所以,你知道GCTA在windows是如何运行的吧?有三种方法……
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