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LITS数据集切片统计

简单原理说明

代码实现

运行结果

总结

LITS数据集切片统计

我的数据集长这样，手中得到的数据集有LITS数据集，从网上下载下来的时候，格式是nii文件，因为我用的是2D Unet，所以要先把nii文件转为png格式，其中每个NII文件有许多切片构成，于是有了这篇统计切片的文章

简单原理说明

使用SimplyITK的ReaImage读入图像(segmentation-xx.nii)后

返回图像.shape为（切片数，长，宽）

如下所示：

segmentation-80.nii (217, 512, 512)
segmentation-81.nii (343, 512, 512)
segmentation-82.nii (519, 512, 512)
segmentation-83.nii (871, 512, 512)
segmentation-84.nii (733, 512, 512)
segmentation-85.nii (630, 512, 512)
segmentation-86.nii (647, 512, 512)
segmentation-87.nii (896, 512, 512)
segmentation-88.nii (811, 512, 512)

segmentation-89.nii (766, 512, 512)

代码实现

import SimpleITK as sitk
from matplotlib import pyplot as plt
import osdef showNii(img):for i in range(img.shape[0]):print(i)plt.imshow(img[i, :, :], cmap='gray')plt.show()label_nii_path = r'F:\data\zip_temp\lits_train\label'
label_file = os.listdir(label_nii_path)
totall_slice = 0
epoch = 0
for nii_label in label_file:epoch += 1itk_img = sitk.ReadImage(os.path.join(label_nii_path,nii_label))img = sitk.GetArrayFromImage(itk_img)print(str(nii_label),img.shape)totall_slice += img.shape[0]if epoch%10 == 0:print('当前切片数:',totall_slice)
else:print('总切片数：',totall_slice)

运行结果

segmentation-0.nii (75, 512, 512)
segmentation-1.nii (123, 512, 512)
segmentation-10.nii (501, 512, 512)
segmentation-100.nii (685, 512, 512)
segmentation-101.nii (683, 512, 512)
segmentation-102.nii (677, 512, 512)
segmentation-103.nii (683, 512, 512)
segmentation-104.nii (781, 512, 512)
segmentation-105.nii (986, 512, 512)
segmentation-106.nii (771, 512, 512)
当前切片数: 5965
segmentation-107.nii (771, 512, 512)
segmentation-108.nii (856, 512, 512)
.

.

.

.(省略）
segmentation-97.nii (671, 512, 512)
segmentation-98.nii (645, 512, 512)
当前切片数: 58009
segmentation-99.nii (629, 512, 512)
总切片数： 58638

总结

训练集一共58638个切片

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