23andme、gsa、wegene各染色体位点统计
---
shell还没入门,确切的说是还没学,用python3写了个小脚本统计23andme、gsa、wegene各染色体位点.
代码如下:
23andme:
chromesomeset = set()
snp = {}
for x in range(1,24):snp[str(x)] = 0
snp['X'] = 0
snp['Y'] = 0
snp['MT'] = 0
print(snp)
chromesome = ''
inf = open('genome_jun_v3_Full_201608225359.txt')
for line in inf:if line.startswith('r'):#snp_name = line.strip().split('\t')[0]chromesome = line.strip().split('\t')[1]chromesomeset.add(chromesome)snp[chromesome] += 1#print(chromesome)#print(snp[%s % str(chromesome)])sorted(snp.keys())
for chromesome in chromesomeset:print(chromesome, '\t', snp[chromesome])
gsa的同上,稍做一两处调整。
wegene的没有源数据,找的生信菜鸟团jimmy的shell
cut -f 2 jimmy_wegene.txt | unique -c |grep -v "^#"
# 结果分析
从图中可以看出,毕竟23andme是最早做的,位点最多,但是,现在来讲,大约也就上千个点可以被解读,所以意义不大。但是,国内公司的还是引入了中国人的特征位点的,更具有人群优势,适合国人的基因检测,现阶段,大概也就这样了,不知何时可以每个人做全外或全基因检测。
转载于:https://www.cnblogs.com/zd200572/p/7210974.html
23andme、gsa、wegene各染色体位点统计相关推荐
- GSA 8月最新5G报告:全球已发布100台5G设备
近日,全球移动供应商协会(GSA)发布了8月份最新的5G数据,显示了持续的进展. 具体来说,GSA统计目前总共有100台已发布的5G设备,从手机到热点都有. 此外,该组织表示,全球共有39家无线网络运 ...
- 宏基因组数据提交GSA指南
GSA简介 GSA是Genome Sequence Archive的缩写,即基因组序列存档,由中科院基因组所主办. 网址:http://gsa.big.ac.cn/ 之前介绍过NCBI提交测序数据,- ...
- 宏基因组数据提交GSA实操手册—发表文章前必备技能
文章目录 GSA简介 开始前准备:注册/登陆 新建BioProject 数据上传 批量提交样本信息 01 提交者信息 02 基本信息 03 样本类型 04 样本属性 05 元数据信息 实验样品信息 测 ...
- 中国核酸数据库GSA数据提交指南
文章目录 中国核酸数据库GSA GSA 数据模型 数据触发机制说明 发布策略和免责声明 如何提交数据到GSA? 第一步: 注册账户 第二步:进入GSA数据库创建GSA 1. 创建项目(BioProje ...
- Python+OpenCV 图像处理系列(4)—— 图像像素的读写、算术运算、逻辑运算及像素的统计
1. 像素的读写 可以根据像素的行和列的坐标获取它的像素值.对 BGR 图像而言,返回值为 B,G,R 的值. img.shape 可以获取图像的形状.它的返回值是一个包含行数 h,列数 w,通道数 ...
- Linux下 C语言统计时间差
前言 主要是为了统计下某段程序的运行时间 代码实现 主要调用了linux c下的<sys/time.h> #include<stdio.h> #include<sys/t ...
- pandas数据框,统计某列或者某行数据元素的个数
版权声明:本文为博主原创文章,遵循 CC 4.0 by-sa 版权协议,转载请附上原文出处链接和本声明. 本文链接:https://blog.csdn.net/sinat_38893241/artic ...
- 基于短语的统计机器翻(PBMT) 开源工具 :Moses
如何运行Moses 1. Moses的历史 Moses是Pharaoh的升级版本,增加了许多功能.它是一个基于短语的统计机器翻译系统,整个系统用C++语言写成,从训练到解码完全开放源代码,可以运行在L ...
- LeetCode简单题之统计匹配检索规则的物品数量
题目 给你一个数组 items ,其中 items[i] = [typei, colori, namei] ,描述第 i 件物品的类型.颜色以及名称. 另给你一条由两个字符串 ruleKey 和 ru ...
- 2021年大数据Flink(四十):Flink模拟双十一实时大屏统计
目录 Flink模拟双十一实时大屏统计 需求 数据 编码步骤: 1.env 2.source 3.transformation 4.使用上面聚合的结果,实现业务需求: 5.execute 参考代码 实 ...
最新文章
- java sql sum函数的使用方法_SQL常用汇总函数用法说明
- Kettle使用_28 转换之数值范围与字符串操作
- 设置兼容性[指定IE浏览器渲染方式]
- 计算机硬件检测维修资料,计算机硬件检测维修实训台 Computer hardware detection and maintenance training bench...
- 如何在 M1 Mac 上运行英特尔应用程序?
- ASP.NET 3.5核心编程学习笔记(44):HTTP处理程序的编写之从数据库加载图像
- git小乌龟工具TortoiseGit记住你的账号密码
- 分享200个App移动端模板---总有一个适合你
- Android低功耗蓝牙通讯
- 状态良好(恢复分区)空间的删除的方法
- win10连wifi显示无Internet最全解决方案
- vb wps 链接单元格_wps如何超链接wps表格.doc
- 计算机的存储功能是什么原因,电脑储存的意义是什么
- 运动蓝牙耳机选什么类型、蓝牙运动耳机推荐
- 算法 所有奇数长度子数组的和
- IIS W3C 字段 解释
- 鹰眼轨迹管理平台移植
- WVP-PRO+ZLMediaKit搭建GB28181视频平台(linux详细教学)
- 影目科技获千万美元融资背后,挚文集团“落子”元宇宙
- Unity3D在Project中添加Favorites快速搜索标签
热门文章
- php 面向对象编程(class)之从入门到崩溃 基础篇
- 还在重复写空指针检查代码?考虑使用 Optional 吧!
- HTTP的请求头 Last-Modified 与 If-Modified-Since 和 If-None-Match 与 ETags
- Oracle 11g r2 下载地址
- CSS 子元素铺满整个父元素、CSS + JQuery 实现遮罩层
- python接口在哪里_在Python中实现接口?
- 小D课堂 - 新版本微服务springcloud+Docker教程_5-04 feign结合hystrix断路器开发实战下...
- LGOJP2831 愤怒的小鸟
- C#复习笔记(3)--C#2:解决C#1的问题(泛型)
- git error: failed to push some refs to...